Construction of chromosome-specific DNA libraries and genome analysis in barley

Provider

Ministry of Education, Youth and Sports

Programme

KONTAKT

Call for proposals

KONTAKT 1 (SMSM200132001)

Main participants

Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

—

Project name in Czech

Konstrukce chromozómově specifických knihoven DNA a analýza genomu ječmene

Annotation in Czech

Projekt je zaměřen na využití chromozómů tříděných pomocí průtokové cytometrie pro efektivní analýzu genomu ječmene. DNA izolovaná z chromozómu 5 bude použita pro konstrukci knihoven velkých inzertů, klonovaných ve vektoru BAC. Paralelně s konstrukcí chromozómově specifické BAC knihovny bude optimalizována metoda selekce chromozómově specifické DNA obohacené o kódující sekvence. Tato DNA bude použita pro odvození molekulárních markerů, které budou využity při zahušťování genetické mapy chromozómu 5. Pomocí robotizovaného pracoviště budou připraveny DNA čipy a na základě jejich analýzy budou vybrány klony DNA obsahující molekulární markery, které jsou v těsné vazbě na agronomicky významné znaky. Budou rovněž selektovány fragmenty DNA bohaté na kódujícísekvence. Tyto úseky DNA budou sekvenovány a bude provedena detailní analýza jejich struktury. Vedle pochopení organizace oblastí genomu bohatých na geny by toto studium mělo vyústit v objev dosud neizolovaných genů ječmene.

R&D category

—

CEP classification - main branch

EB - Genetics and molecular biology

CEP - secondary branch

EF - Botany

CEP - another secondary branch

GE - Plant cultivation

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Provider evaluation

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Project results evaluation

V průběhu řešení byly vypracovány původní metody třídění chromozomů ječmene pomocí laserové průtokové cytometrie a konstrukce chromozomově specifických knihoven DNA

Realization period - beginning

Jan 1, 2000

Realization period - end

Jan 1, 2002

Project status

U - Finished project

Latest support payment

—

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP/2003/MSM/MSM3ME/U/N/8:4

Data delivery date

May 22, 2009

Total approved costs

2,224 thou. CZK

Public financial support

667 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

1,612 thou. CZK