Construction of chromosome-specific DNA libraries and genome analysis in barley
Project goals
The project is focused on the use of chromosomes sorted using flow cytometry for efficient analysis of barley genome. DNA prepared from chromosome 5 will be used for construction of large-insert DNA libraries cloned in a BAC vector. In addition to the construction of chromosome-specific BAC libraries, a method for isolation of gene-rich chromosome-specific DNA will be optimised. The DNA will be used for isolation of molecular markers, which will serve to increase the density of genetic linkage map. DNAchips will be prepared using a robotic workstation and used to select BAC clones containing molecular markers tightly linked to agriculturally important traits. Moreover, BAC clones rich in coding sequences will be selected, subcloned and sequenced. Their structure will be analysed in detail. This study will lead to better understanding the structure of gene-rich genome regions and to discovery of new genes in barley.
Keywords
ChromosomesBarleyGenome mappingFlow cytometry, Chromosome sortingDNA librariesBAC
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT
Call for proposals
KONTAKT 1 (SMSM200132001)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Konstrukce chromozómově specifických knihoven DNA a analýza genomu ječmene
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na využití chromozómů tříděných pomocí průtokové cytometrie pro efektivní analýzu genomu ječmene. DNA izolovaná z chromozómu 5 bude použita pro konstrukci knihoven velkých inzertů, klonovaných ve vektoru BAC. Paralelně s konstrukcí chromozómově specifické BAC knihovny bude optimalizována metoda selekce chromozómově specifické DNA obohacené o kódující sekvence. Tato DNA bude použita pro odvození molekulárních markerů, které budou využity při zahušťování genetické mapy chromozómu 5. Pomocí robotizovaného pracoviště budou připraveny DNA čipy a na základě jejich analýzy budou vybrány klony DNA obsahující molekulární markery, které jsou v těsné vazbě na agronomicky významné znaky. Budou rovněž selektovány fragmenty DNA bohaté na kódujícísekvence. Tyto úseky DNA budou sekvenovány a bude provedena detailní analýza jejich struktury. Vedle pochopení organizace oblastí genomu bohatých na geny by toto studium mělo vyústit v objev dosud neizolovaných genů ječmene.
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
GE - Plant cultivation
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
V průběhu řešení byly vypracovány původní metody třídění chromozomů ječmene pomocí laserové průtokové cytometrie a konstrukce chromozomově specifických knihoven DNA
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2000
Realization period - end
Jan 1, 2002
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2003/MSM/MSM3ME/U/N/8:4
Data delivery date
May 22, 2009
Finance
Total approved costs
2,224 thou. CZK
Public financial support
667 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
1,612 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
2 224 CZK thou.
Public support
667 CZK thou.
29%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2000 - 01. 01. 2002