Using gene ontologies and annotations for gene expression data interpretation through relational machine learning algorithms

Project name in Czech
Využití genových ontologiií a anotací pro interpretaci dat genové exprese prostřednictvím algoritmů relačního strojového učení
Annotation in Czech
Cílem projektu je vyvinout algoritmy a jejich softwarovou implementaci umožnující interpretaci dat genové exprese za využití databází genových ontologií a anotací, prostřednictvím metod relačního strojového učení a relačního data miningu. Konkrétně, během navrhovaných 4 let projektu chceme vytvořit platformu pro relační integraci dat genové exprese, genových ontologií a textových anotací, dat o vzájemných genových interakcích, dat o struktuře genetických regulačních cyklů (regulatory pathways) a dále ontologií těchto cyklů. Na této platformě chceme vybudovat algoritmy pro induktivní vyhledávání znalostí, s důrazem na prediktivní klasifikaci, detekci asociací a odlehlých hodnot a deskriptivní úlohy, jako je vyhledávání statisticky významných relačních podskupin či relační hierarchické shlukování.

R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
JD - Use of computers, robotics and its application
CEP - secondary branch
JC - Computer hardware and software
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
20204 - Robotics and automatic control<br>20205 - Automation and control systems<br>20206 - Computer hardware and architecture

Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Methods for set-level classification of gene expression data were tested in extensive experiments and their suitability was confirmed with statistical significance. The public web tool XGENE.ORG for gene expression data analysis was extended by new modules.

Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP11-MSM-ME-U/01:1
Data delivery date
Jun 30, 2011

Project goals