The analysis of molecular subtypes of diffuse large B-cell lymphoma by high-resolution arrayCGH for determination of genetic changes of prognostic importance
Project goals
The study of genetic changes in cells of the tumor genome of patients with DLBCL using the array CGH, Q-RT-PCR and immunohistochemistry methods to acquire a comprehensive view of genetic changes. a) Based on preliminary results, to perform detailed laboratory and clinical analyses of candidate regions and genes located in them: chromosome 2p and the REL and BCL11A genes, chromosome 9p and the JAK2 gene, chromosome 3 and the FOXP1 gene, chromosome 8 and the CMYC gene, and chromosome 18q and the BCL2 gene. b) To use Q-RT-PCR to determine expression of selected genes and compare this with copy number changes. c) To complete genetic tests with immunohistochemical detection of selected proteins and other markers to refine prognostic stratification and definition of heterogeneous subtypes of DLBCL. d) Based on the comprehensive examinations, to acquire results enabling more precise stratification of patients and the application of these findings in routine clinical practice including targeted therapy.
Keywords
Difuse Large B-cell LymphomaFISHarrayCGHQ-RT-PCRimunohistochemistryprognosistarget therapy
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Ministry of Health?s Departmental Research and Development Programme III
Call for proposals
VaV pro Ministerstvo zdravotnictví III 1 (SMZ0201001)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NT11103-4/2010
Alternative language
Project name in Czech
Analýza molekulárních subtypů difúzního velkobuněčného lymfomu (DLBCL) metodou arrayCGH s vysokým rozlišením pro určení genových změn prognostického významu
Annotation in Czech
Studium genetických změn v buňkách nádorového genomu nemocných s DLBCL metodami arrayCGH, Q-RT-PCR a imunohistochemie. Doplnění o výsledky klasické cytogenetiky a molekulární cytogenetiky k získání komplexního pohledu na chromosomové a genové změny. a) Na základě předběžných výsledků laboratorně a klinicky detailně analyzovat kandidátní oblasti a geny v nich lokalizované: chromosom 2p a geny REL a BCL11A, chromosom 9p a gen JAK2, chromosom 3 a gen FOXP1, chromosom 8 a gen CMYC, chromosom 18q a gen BCL2.b) Pomocí Q-RT-PCR určit expresi vybraných genů a porovnat se změnami genových kopií. c) Doplnit genetická vyšetření imunohistochemickou detekcí vybraných proteinů a dalších markerů, ke zpřesnění prognostické stratifikace a zařazení heterogenních podskupin DLBCL. d) Na základě komplexnosti vyšetření získat výsledky, které dovolí přesnější stratifikaci nemocných do prognostických podskupin a využítí těchto poznatků pro rutinní klinickou praxi včetně cílené léčby.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
FD - Oncology and haematology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30204 - Oncology
30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Project analyzed the importance of cytogenetic and molecular biology findings in diffuse large B cell lymphoma. The most frequent chromozomal changes were described in the concordance with already published data.
Solution timeline
Realization period - beginning
Sep 1, 2010
Realization period - end
Jun 30, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 26, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-MZ0-NT-U/05:3
Data delivery date
Dec 14, 2015
Finance
Total approved costs
6,499 thou. CZK
Public financial support
6,479 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
20 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
6 499 CZK thou.
Public support
6 479 CZK thou.
99%
Provider
Ministry of Health
CEP
FD - Oncology and haematology
Solution period
01. 09. 2010 - 30. 06. 2014