XGENE.ORG -- a public tool for integrated analysis of microarray, microRNA and methylation data
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Ministry of Health?s Departmental Research and Development Programme III
Call for proposals
VaV pro Ministerstvo zdravotnictví III 4 (SMZ0201301)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NT14539-3/2013
Alternative language
Project name in Czech
XGENE.ORG -- veřejný nástroj integrované analýzy transkripčních, miRNA and metylačních dat
Annotation in Czech
Projekt významně funkčně rozšiřuje stávající podobu veřejného XGENE.ORG web nástroje s cílem umožnit kombinaci a souhrnné vyhodnocení uživatelských mRNA, miRNA a metylačních dat se současným využitím všech vhodných zdrojů strukturované genomické znalosti. Kromě nástroje budou výstupem i výsledky dosažené ve spolupráci s konkrétními pracovišti zabývajícími se myelodysplastickým syndromem a tumory zárodečných buněk. Jádrem řešení budou pokročilé algoritmy relačního strojového učení a stochastické optimalizace, statistické metody a moderní metody pro tvorbu webových aplikací. Konkrétními výstupy nástroje budou 1) biologicky snadno popsatelné vzory ve tvaru množiny nebo anotované sítě specifických příbuzných elementů typu gen, bílkovina, miRNA sekvence nebo metylační ostrůvek spojených s konkrétní charakteristickou množinou biologických vzorků a 2) prediktivní modely určující neznámý fenotyp vzorku se známými hodnotami měřitelných molekulárních markerů.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Methodology extending analytical capability of the tool XGENE.ORG. Application of computer-assissted methodology for intergration of complex molecular data.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 20, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MZ0-NT-U/02:1
Data delivery date
Dec 19, 2016
Finance
Total approved costs
4,683 thou. CZK
Public financial support
4,683 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK