Whole genome sequencing and metagenomics towards understanding transmission routes of antibiotic resistant bacteria from hospitals to the environment
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202000001
Main participants
Veterinární univerzita Brno / CEITEC - Středoevropský technologický institut, VFU Brno
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU20J-09-00040
Alternative language
Project name in Czech
Celogenomové sekvenování a metagenomika jako nástroje k pochopení cest přenosu bakterií rezistentních k antibiotikům z nemocnic do prostředí
Annotation in Czech
Šíření bakterií rezistentních k antibiotikům představuje závažný medicínský problém. Zástupci řádu Enterobacterales, zejména Escherichia coli a Klebsiella spp., patří mezi původce močových a jiných závažných infekcí člověka a zároveň často vykazují mnohočetnou rezistenci k antibiotikům. Rezistentní bakterie se mohou šířit z nemocnic do odpadních vod a následně přes městské čistírny odpadních vod do vod povrchových. Tento projekt je zaměřen na celkové sledování cest šíření antibiotické rezistence z nemocnic do prostředí s využitím sekvenačních technik závislých i nezávislých na předchozí kultivaci. Celogenomové sekvenování bude použito k mapování genetického pozadí klinicky závažných bakteriálních klonů. Metagenomika umožní detailní charakterizaci komplexních bakteriálních populací, detekci zájmových genetických markerů (genů rezistence, virulence, mobilních genetických elementů) a zhodnocení skrytých zdrojů antibiotické rezistence. Kombinací použitých přístupů bude zhodnoceno šíření rezistentních bakterií a klinicky a epidemiologicky důležitých elementů z nemocnic do prostředí.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30302 - Epidemiology
OECD FORD - secondary branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology<br>FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
1/ The project brought priority findings published in high-quality international journals. By tracking the spread of different types of bacteria from hospitals to wastewater and through wastewater treatment plants to the environment, the project provided an overview of antibiotic resistance spread. It contributed to the future design of procedures and recommendations for effective monitoring. 2/ Characteristics of the results: the results are adequate to the objectives that were met. 3/ Significance of the project for other disciplines: this is a multidisciplinary project that contributed to the methodological level of monitoring wastewater contamination with potentially resistant bacteria and will serve to educate students. 4/ Three publications in peer-reviewed impacted journals were dedicated to the project as the main outputs. 5/ Deficiencies in compliance with the Tender Documentation or the use of financial resources were not found, and deviations were properly justified.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-U
Data delivery date
Jul 3, 2024
Finance
Total approved costs
10,677 thou. CZK
Public financial support
10,677 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK