Multiomics for discovery of biomarkers for breast carcinoma resistance prediction
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Státní zdravotní ústav se sídlem v Praze
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-08-00281
Alternative language
Project name in Czech
Multiomický přístup k vývoji biomarkerů predikce rezistence karcinomu prsu
Annotation in Czech
Karcinom prsu je nejčastějším nádorovým onemocněním žen ve světě. Mezi hlavní příčiny neúspěchu onkologické léčby onemocnění patří mnohočetná léková rezistence. Rozdíly v expresi genů metabolismu a transportu cytostatik mezi nádorovými tkáněmi pacientů dobře a špatně odpovídajících na standardní chemoterapii, které jsme nalezli v předchozích projektech, podporují hypotézu o existenci molekulárních faktorů zodpovědných za resistenci nádorů na podanou léčbu. Cílem projektu je integrace více úrovní regulace genové exprese, tj. genomiky, epigenomiky a transkriptomiky (integromika) pro stratifikaci pacientek do režimů s optimální terapeutickou účinností a k identifikaci nových cílů pro použití již známých léků, kombinací nebo k návrhu nových léčebných cílů. Moderními metodami založenými na sekvenování nové generace (NGS) budou sledovány dědičné i somatické genetické změny v panelu kandidátních genů vybraných pomocí bioinformatických in silico nástrojů z databází jako je TCGA. Genetická variabilita panelu bude porovnána s hladinou transkriptů mRNA, a epigenetickými faktory (nekódující RNA a methylace CpG) v nádorové i kontrolní tkáni a s klinickými daty pacientek. Na základě vyhodnocení potenciálně škodlivých alterací in silico a srovnáním s klinickými daty pacientek, zejména s odpovědí na neoadjuvantní léčbu, budou vybrány geny a varianty, jejichž význam bude dále validován na historickém souboru více než 500 pacientek s karcinomem prsu. Tímto způsobem budou odhaleny potenciální klíčové determinanty resistence a dále funkčně charakterizovány v zavedených in vitro modelech. Očekávaným výstupem projektu je soubor mutací v genech, případně cílové geny, které buď korespondují s progresí karcinomu prsu, nebo přímo způsobují snížení účinku onkologické léčby, či s tímto snížením korelují. Plánujeme rovněž přispět k odhalení mechanismu působení nalezených biomarkerů. Znalosti o těchto molekulárních faktorech pak poslouží k dalšímu rozvoji individualizované medicíny v onkologii.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - secondary branch
30204 - Oncology
OECD FORD - another secondary branch
30101 - Human genetics
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>EB - Genetics and molecular biology<br>FD - Oncology and haematology<br>IN - Informatics
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
11,694 thou. CZK
Public financial support
11,304 thou. CZK
Other public sources
390 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK