Variability and composition of nasopharyngeal microbiota in receiving hematopoietic stem cell transplantation

Project name in Czech
Variabilita a změny ve složení nazofaryngeálního mikrobiomu u pacientů s transplantací kmenových krvetvorných buněk
Annotation in Czech
Zavedení metod označovaných jako next-generation sequencing (NGS) umožnilo detailní výzkum lidského mikrobiomu. Jak bylo prokázáno u mikrobiomu vaginálního či gastrointestinálního traktu, zastoupení určitých specifických bakteriálních druhů má nezastupitelnou úlohu v udržování optimálního složení daného mikrobiomu. Pacienti podstupující transplantaci krvetvorných buněk jsou ohroženi infekčními komplikacemi, jejichž zdrojem je obvykle endogenní mikroflóra. V pozdní post-transplantační periodě jsou pacienti vnímaví k infekcím vyvolaných opouzdřenými patogeny, zejména Streptococcus pneumoniae, které jsou součástí komenzální mikroflóry nazofaryngu. Změna ve složení nazofaryngeální mikroflóry může přispět k rozvoji kolonizace pneumokoky a následnému vzniku infekcí. Pomocí NGS bude studováno podrobné složení a variabilita nazofaryngeálního mikrobiomu u pacientů, kteří podstoupili transplantaci krvetvorných buněk, jejíž složení může být u těchto pacientů ovlivněno díky opakované expozici antibiotikům a absence určitých mikrobů může přispívat ke zvýšené vnímavosti k pneumokokovým nákazám.

R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
30302 - Epidemiology<br>30303 - Infectious Diseases

Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The authors analyzed microbial composition and dynamics in the nasopharynx of patients after hematopoietic stem cell transplantation using real-time PCR for the assessment of Streptococcus genus and S16 rRNA microbiome by the next generation sequencing (NGS) method. By comparing conventional cultivation with NGS the latter was found more sensitive. Moreover, real-time PCR analysis of two genes for early diagnosis of Pneumococci was superior, in terms of specificity, to analysis based on a single candidate gene. The authors succeeded to fulfill all planned aims of the project. Results were published in publicly accessible scientific journals with impact factor. The quantity of publication endpoints exceeds the originally planned goals in the project application, although external referee criticized that most published works fall into the lowest quartile (Q4) of the microbiology field. The cumulative impact factor of all published works is 7.2. The established S16 NGS method and bioinfor

Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-MZ0-NV-U/03:1
Data delivery date
Jun 25, 2021

Similar projects(10)