Use of parallel sequencing methods for monitoring of oral microbiome dynamics in the course of periodontal disease development and therapy.

Project name in Czech
Využití metod paralelního sekvenování pro monitorování dynamiky orálního mikrobiomu v průběhu rozvoje a terapie onemocnění parodontu.
Annotation in Czech
Cílem projektu je posoudit využitelnost vysokoúčinných metod paralelního sekvenování (HTS – high-throughput sequencing) jako nástroje pro komplexní charakterizaci dynamiky mikrobiomu dutiny ústní a tím pro včasnou diagnózu rizika i nástupu parodontitidy a pro sledování postupu léčby. V dlouhodobé studii, sledující dynamiku změn složení orálního mikrobiomu v již ustaveném souboru 20 původně zdravých osob i kontrolní skupiny pacientů s chronickou parodontitidou, bude podrobně zdokumentována transformace „zdravého“ bakteriálního biofilmu na parodontální v průběhu celkem sedmiletého monitorovacího období. Na souboru 60 pacientů s agresivní parodontitidou léčených dvěma různými standartními postupy bude HTS využita pro monitorování orálního mikrobiomu v průběhu vlastní terapie i v následném období. Porovnání výstupů obou experimentů poskytne informaci, zda a jak se liší kompozice subgingiválního biofilmu u chronické a agresivní parodontitidy. Pro uživatelská medicínská pracoviště bude vypracován komplexní metodický postup pro včasnou diagnózu i monitorování průběhu léčby.

R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
OECD FORD - equivalent branches (according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3) 10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3) 10605 - Developmental biology 10606 - Microbiology 10607 - Virology 10608 - Biochemistry and molecular biology 10609 - Biochemical research methods 30101 - Human genetics 30302 - Epidemiology 30303 - Infectious Diseases

Provider evaluation
O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
Project results evaluation
The objectives of the project have been met; the outputs of the project include by two high quality publications in an impacted journal and a software that can be used in clinical practice. All of these significantly contribute to the current knowledge in the investigated field. However, the number of main project outputs declared in the project proposal (4 Jimp), on the basis of which the project was recommended for funding, was not met. Neither publications that are unrelated to the project topic nor those that were sent to the editorial office before the project started can be considered to represent eligible main outputs. At the request of the investigator, the project duration was extended by half a year due to the COVID-19 pandemic and related complications in clinical examination of patients and sample collection. The project funds were adequately used, with CZK 9 390 thoussand out of the planned budget of CZK 9 445 thousand utilized.

Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-MZ0-NV-U
Data delivery date
Jan 24, 2022

Similar projects(10)