Whole-Genome Sequencing for Hospital Epidemiology and Multi-drug Resistant Bacteria Outbreaks Detection
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Programme to support medical applied research in 2015 to 2022
Call for proposals
Zdravotnický AV 5 (SMZ0201900001)
Main participants
Fakultní nemocnice Brno
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NV19-09-00430
Alternative language
Project name in Czech
Celogenomové sekvenování pro nemocniční epidemiologii a detekci outbreaků způsobených multirezistentními bakteriemi
Annotation in Czech
Infekce spojené se zdravotní péčí (ISZP) způsobené multirezistentními bakteriemi jsou častou komplikací provázející hospitalizaci. Jejich následkem dochází ke zhoršení kvality života pacientů, prodloužení doby hospitalizace a zvýšení nákladů na léčbu. Mezi nejzásadnější nemocniční patogeny patří Klebsiella pneumoniae produkující širokospektré betalaktamázy (ESBL KLPN) a karbapenemázy, methicilin-rezistentní Staphylococcus aureus (MRSA) a vankomycin-rezistentní Enterococcus faecium (VRE). Poznání způsobů jejich šíření v nemocničních zařízeních je klíčové pro zavedení účinných protiepidemických opatření. Molekulárně-biologické typizační metody slouží pro odlišení bakteriálních kmenů v rámci jednoho druhu a tím tvoří základní pilíř pro epidemiologické studie. Metodou s nejvyšší diskriminační schopností je v současnosti celogenomové sekvenování, které ve spojení s vhodnými bioinformatickými nástroji poskytuje informace nejen o příbuznosti bakteriálních kmenů izolovaných v nemocnicích, ale také genetické výbavě každého kmene a jeho patogenním potenciálu.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
1/ The project dealt with an important problem of molecular typing of multi-resistant bacteria in hospitals. The authors managed to fulfill their goals by publishing methodologies for bacterial subtyping using modern approaches. 2/ All published works describe the results of original research, are methodologically valuable, and relate directly to the project's main goals. All papers have an exclusive dedication to this project from the point of view of AZV. 3/ The results of this project are essential, especially for workers in microbiological laboratories and clinicians dealing with a risk of multidrug-resistant infections. The project has a certain overlap in preventive medicine. Primarily the created methodologies have a direct impact on practice. 4/ The project outputs were published in 5 Jimp journals (3xQ1 and 2xQ2) with an overall IF of 33.5 based on the WoS assessment in 2021. The results are adequate to the original goals. 5/ Breaches to the Tender rules were not found.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 19, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MZ0-NV-U
Data delivery date
Jun 22, 2023
Finance
Total approved costs
7,245 thou. CZK
Public financial support
7,245 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK