Innovation in the breeding of new domestic apple varieties using a genome-wide association study (GWAS)
Project goals
The aim of the proposal is to innovate a creation of new apple varieties to obtain breeding material with excellent qualitative characteristics to increase the competitiveness of Czech fruit growing. Genome-wide sequencing of the apple tree collection will be carried out in order to identify DNA loci responsible for economically important traits by so-called association analysis (GWAS). Thus, molecular markers (MM) associated with interesting breeding properties of fruits, such as for example appearance, taste, size or firmness, will be found. The identified MM will be validated on verification populations, and detection methods suitable for routine MM-assisted selection (MAS) of seedlings will be developed to make breeding programs more efficient and cheaper.
Keywords
domestic applegenome-wide association analysis, GWASmolecular markermarker assisted breedingMAS
Public support
Provider
Ministry of Agriculture
Programme
—
Call for proposals
SMZE2024MZE01
Main participants
VÝZKUMNÝ A ŠLECHTITELSKÝ ÚSTAV OVOCNÁŘSKÝ HOLOVOUSY s.r.o.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
QL24010091 - Smlouva o poskytnutí podpory
Alternative language
Project name in Czech
Inovace šlechtění nových odrůd jabloně domácí s využitím celogenomové asociační studie (GWAS)
Annotation in Czech
Cílem navrhovaného projektu je inovace tvorby nových odrůd jabloně domácí pro získání šlechtitelského materiálu s vynikajícími kvalitativními vlastnostmi pro zvýšení konkurenceschopnosti českého ovocnářství. Bude provedeno celogenomové sekvenování kolekce jabloní s cílem identifikovat DNA lokusy zodpovědné za hospodářsky významné znaky tzv. asociační analýzou (GWAS). Budou tak nalezeny molekulární markery (MM) asociované se šlechtitelsky zajímavými vlastnostmi plodů, jako jsou např. vzhledové a chuťové vlastnosti, velikost či pevnost plodů. Takto identifikované DNA markery budou validovány na ověřovacích populacích, zároveň budou vyvinuty detekční metody vhodné pro rutinní MM asistovanou selekci (MAS) semenáčů umožňující zefektivnění a zlevnění šlechtitelských programů.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
OECD FORD - another secondary branch
40105 - Horticulture, viticulture
EB - Genetics and molecular biology
GC - Plant growing, crop rotation
GE - Plant cultivation
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2028
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Mar 20, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.
Data delivery code
CEP25-MZE-QL-R
Data delivery date
Feb 17, 2025
Finance
Total approved costs
25,189 thou. CZK
Public financial support
21,191 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
3,997 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
25 189 CZK thou.
Public support
21 191 CZK thou.
84%
Provider
Ministry of Agriculture
OECD FORD
Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Solution period
01. 03. 2024 - 31. 12. 2028