Next generation sequencing (NGS) for the broad-spectrum diagnostics of plant viruses and for the study of virus-host interactions
Public support
Provider
Technology Agency of the Czech Republic
Programme
Programme for funding of applied research and experimental development DELTA
Call for proposals
DELTA 2 (STA02016TF02)
Main participants
Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
2016TF02000056
Alternative language
Project name in Czech
NGS pro širokospektrální diagnostiku virových chorob rostlin a pro studium interakcí virus-hostitel
Annotation in Czech
Cílem navrhovaného projektu je: • Vyvinout metodiku NGS pro multiplexní screening malých RNA s cílem detekce a determinace virových patogenů obilnin včetně analýzy genomu viromu (souboru všech virů) u obilnin • Vypracovat spolehlivé metody detekce a kvantifikace detekovaných virových patogenů na bázi real-time (RT)-qPCR, jako nástroje pro multiplexní diagnostiku na úrovni konkrétních plodin (pšenice, ječmen, rýže). • Studovat profily malých RNA (miRNA, siRNA), jako u modelového případu při interakci viru a rostliny BYDV a ječmene; a RBSDV a rýže, pro stanovení regulace genů v odpovědi na virové infekce na úrovni RNA v souvislosti s odolností rostlin vůči viru.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The opposing committee agreed that the solution of this project contributed to the goal of the program with new results suitable for implementation. The benefit of the project can be assessed as societal. According to the available information, the cooperation took place and brought many benefits to the solving team. New partnerships have been established and cooperation is planned even after the completion of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 28, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.
Data delivery code
CEP19-TA0-TF-U
Data delivery date
May 12, 2023
Finance
Total approved costs
10,146 thou. CZK
Public financial support
7,590 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
2,638 thou. CZK