The Open Data Exchange Ecosystem in Proteomics: Evolving its Utility
Public support
Provider
Technology Agency of the Czech Republic
Programme
Programme of applied research and experimental development EPSILON
Call for proposals
—
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
TH86010001 - Smlouva o poskytnutí podpory
Alternative language
Project name in Czech
Ekosystém pro sdílení volně dostupných proteomických dat: Rozšíření jeho funkcí.
Annotation in Czech
Hlavním cílem ODEEP-EU je zefektivnit opětovné použití veřejných dat z oblasti proteomiky. Důležité je, že toto opětovné použití veřejně dostupných dat, které musí být podpořeno volně dostupnými zdrojovými kódy a softwarem, je spojeno s třemi klíčovými aspekty: (i) vytvoření a udržení referenčních datasetů včetně jejich anotace a návodů na opětovné použití; (ii) snížení složitosti postupů pro opětovné použití pomocí anotace metadat, dostupnosti vysoce kvalitních dat pro danou problematiku a existence volně dostupných softwarových řešení pro opětovnou analýzu; a (iii) integrace již existujících frameworků (z projektu ELIXIR) pro sdílení volně dostupných softwarů a zálohování do systému Software Heritage. V rámci projektů propojíme vědeckou komunitou (zejména v oblastech struktury bílkovin, biochemie, molekulární a terénní biologie) v akademické sféře a průmyslu. Výsledkem bude existence stabilního a důvěryhodného prostředí pro uchovávaní proteomických dat včetně opětovnému použití.
Scientific branches
R&D category
VV - Exeperimental development
OECD FORD - main branch
10609 - Biochemical research methods
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
10406 - Analytical chemistry
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CB - Analytical chemistry, separation<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project was implemented in accordance with the Contract and achieved all planned objectives and results. The outputs are of high quality, publicly available and have a practical impact in the field of standardization and reuse of proteomic data, while the research team also contributed to international standardization activities (the international HUPO-PSI platform). Although the project did not bring completely breakthrough or excellent results in the sense of a fundamental scientific discovery, it fulfilled the assignment, met the objectives and provided valuable, immediately usable outputs with transnational impact.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 28, 2025
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP26-TA0-TH-U
Data delivery date
Jun 12, 2026
Finance
Total approved costs
4,680 thou. CZK
Public financial support
3,976 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
704 thou. CZK