New technologies for identification and typing of biological agents
Project goals
The aim of the project is to develop the methodological procedures for the isolation of bacterial and viral nucleic acids and protein and no-protein toxins from natural matrices, and the procedures for their identification and typing. In the case of bacteria and viruses are designed following the methodological procedures and specific technological and laboratory units: the acquisition and cultivation of biological agents, isolation of genome and plasmid DNA, or RNA in the case of a virus, the methodology and procedures for the preparation of samples of bacterial and viral nucleic acids from complex matrices, design of qPCR primers, probes and the reaction conditions and testing and validation of the proposed methods and procedures for the identification of biological agents. For the detection of low molecular weight toxins will be used high performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry and for detection and identification of protein toxins will be used mass spectrometric method SRM(Selected reaction monitoring).
Keywords
Bacteriavirusestoxinsnucleic acidsPCRliquid chromatographymass spectrometry
Public support
Provider
Ministry of Interior
Programme
—
Call for proposals
—
Main participants
Ministerstvo obrany / Univerzita obrany - Vojenská lékařská fakulta
Contest type
VZ - Public procurement
Contract ID
MV-103803-50/VZ-2010
Alternative language
Project name in Czech
Nové technologie identifikace a typizace biologických agens
Annotation in Czech
Cílem projektu je vypracovat metodické postupy pro izolaci bakteriálních a virových nukleových kyselin a proteinových a neproteinových toxinů z přirozených matric, a dále pak postupy pro jejich identifikaci a typizaci. V případě bakterií a virů jsou navrženy následující metodické postupy a specifické technologické a laboratorní celky: získávání a kultivace biologickýc agens, izolace genomové a plasmidové DNA, resp. RNA v případě virů, metodiky a postupy přípravy vzorků bakteriálních a virových nukleových kyselin z komplexních matric, návrh qPCR primerů, sond, reakčních podmínek a ladění protokolů a otestování a validace navržených metod a postupů pro identifikaci biologických agens. Pro detekci nízkomolekulárních toxinů bude použita vysokoúčinná kapalinová chromatografie ve spojení s tandemovou hmotnostní spektrometrií a pro detekci a identifikaci proteinových toxinů bude použita hmotnostně spektrometrická metoda SRM (Selected reaction monitoring).
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
CB - Analytical chemistry, separation
10406 - Analytical chemistry
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The targets set in the project proposal have been met. The main results of the project-Software-were achieved. The project also reported a byproduct. All the results are directly linked to the objectives of the project and incurred during the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 20, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Aug 12, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MV0-VF-U/05:1
Data delivery date
Jun 22, 2017
Finance
Total approved costs
12,296 thou. CZK
Public financial support
12,296 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
12 296 CZK thou.
Public support
12 296 CZK thou.
100%
Provider
Ministry of Interior
CEP
EE - Microbiology, virology
Solution period
20. 04. 2012 - 31. 12. 2015