A high-density consensus map of barley linking DArT markers to SSR, RFLP and STS loci and agricultural traits

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F06%3A1360" target="_blank" >RIV/00027006:_____/06:1360 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

A high-density consensus map of barley linking DArT markers to SSR, RFLP and STS loci and agricultural traits

Original language description

Background: Molecular marker technologies are undergoing a transition from largely serial assays measuring DNA fragment sizes to hybridization-based technologies with high multiplexing levels. Diversity Arrays Technology (DArT) is a hybridization-based technology that is increasingly being adopted by barley researchers. There is a need to integrate the information generated by DArT with previous data produced with gel-based marker technologies. The goal of this study was to build a high-density consensus linkage map from the combined datasets of ten populations, most of which were simultaneously typed with DArT and Simple Sequence Repeat (SSR), Restriction Enzyme Fragment Polymorphism (RFLP) and/or Sequence Tagged Site (STS) markers. Results: The consensus map, built using a combination of JoinMap 3.0 software and several purpose-built perl scripts, comprised 2,935 loci (2,085 DArT, 850 other loci) and spanned 1,161 cM. It contained a total of 1,629 'bins' (unique loci), with an averag

Czech name

Velkokapacitní konvenční mapování ječmene pomocí DArT markérů pro SSR, RFLP a STS

Czech description

Podklady: Technologie molekulárních márkerů se stává mezičlánkem většiny řadových stanovení od měření velikosti fragmentu až po technologie založené na hybridizaci s velkým množstvím sond.Rozmanitost DNA (DArT- Diversity Arrays Technology) je založena natechnologii hybridizace, která je stále více využívána vědci zabývajícími se výzkumy ječmene. Je zde zapotřebí sjednotit informace získané pomocí DNA polí s předešlými daty vyprodukovanými na základě markérových technologií.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

BMC Genomics

ISSN

1471-2164

e-ISSN

—

Volume of the periodical

—

Issue of the periodical within the volume

7

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

1

Pages from-to

7

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—