Genealogical analysis in the Czech spring wheat collection and its use for the creation of core collection

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F06%3A1642" target="_blank" >RIV/00027006:_____/06:1642 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Genealogical analysis in the Czech spring wheat collection and its use for the creation of core collection

Original language description

A spring wheat collection of the Czech gene bank included altogether 3270 original accessions in 2005; among them 2123 accessions with pedigree were analyzed using the construction of genetic profiles and subsequent calculation of Renkonen similarity indexes. Genetic diversity was estimated by Shannon diversity index. Subsequently we calculated cluster analysis using coefficients of parentage and in addition, we selected representatives of particular clusters for a care collection. Accessions of the whole analysed set of spring wheat (2123) were progenies of 929 original ancestors and diversity index within the set was H = 4.17. In the selected core set we can trace 718 ancestors and the diversity index is H' = 4.82. The selected core set is composed of 645 accessions (i.e. 30.4% of the whole set) and it represents 77.3% of genetic diversity in the whole set. The diversity between clusters did not decrease in the core set, which shows the representativeness of selected core accessions.

Czech name

Genealogická analýza české kolekce jarních pšenic a její využití při tvorbě ?core? kolekce

Czech description

Kolekce jarní pšenice uchovávaná v České genové bance obsahovala v roce 2005 celkem 3270 původních vzorků; z tohoto počtu byla u 2123 vzorků se známým rodokmenem provedena analýza rodokmenů pomocí genetických profilů a následného výpočtu Renkonenových indexů podobnosti. Genetickou diverzitu jsme odhadli podle Shannonova indexu diverzity, po které následovala shluková analýza rodičovských koeficientů. Z jednotlivých shluků jsme vybrali představitele do vytvářené ?core? kolekce. Odrůdy výchozího analyzovaného souboru jarní pšenice (2123) byly potomstvem 929 původních předků. Index diverzity uvnitř tohoto souboru dosáhl H= 4,17. Ve vybraném ?core? souboru bylo možné vysledovat 718 původních předků a index diverzity byl roven H?=4,82. Vybraný ?core? souborje složen z 645 genotypů (tj. 30,4 % výchozího souboru) a reprezentuje 77,3 % genetické diverzity výchozího souboru. Diverzita mezi shluky se u ?core? souboru nesnížila, což potvrzuje reprezentativnost vzorků, které byly do ?core? soubor

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

GE - Plant cultivation

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/QC1345" target="_blank" >QC1345: Enhancement of the value of wheat and barley collections and improvement of their management</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Czech Journal of Genetics and Plant Breeding

ISSN

1212-1975

e-ISSN

—

Volume of the periodical

42

Issue of the periodical within the volume

4

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

9

Pages from-to

117-125

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—