Analysis of garlic (A. sativum L.) alliase sequence polymorphism
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F08%3A00000144" target="_blank" >RIV/00027006:_____/08:00000144 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Analysis of garlic (A. sativum L.) alliase sequence polymorphism
Original language description
Summary Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) are the most common type of polymorphysm in the genome and we chosen SNaPshot multiplex method to study polymorphisms of 135 cultivars of garlic. ABI PRISM SNaPshot .Genotypes JAPO,MARMFELD,DJAMBUL1,JOVAN were amplified, cloned and analysed by PCR and sequencing. Data was evaluate by ClustalW software.Multiplex Kit allows for the detection more (SNPs) in a single run.
Czech name
Analýza sekvence polymorphismu alliasy česneku (A. sativum L.)
Czech description
Souhrn V sekvenci alliinasy ( S-alk(en)yl-L-cysteine sulfoxide lyase) byly identifikovány v rámci projektu MŠMT/COST také mikrosatelity a to v intronech 1,2 a 3. Proto pro upřesnění délky fragmentu byly navrženy tři páry primerů zachycující místa výskytutěchto polymorfizmů. Pomocí neznačených primerů byly tyto úseky v genotypech JAPO,MARMFELD,DJAMBUL1,JOVAN amplifikovány, klonovány,ověřeny na gelu , sekvenovány a hodnoceny programem ClustalW. Pomocí značených primerů byly délky produktů potvrzovány u všech 136 genotypech česneku metodou využívající fluorescenčně značené primery pro mikrosatelity (SSR). Produkty PCR byly smíchány (0,4?l každého produktu) a analyzovány fragmentační analýzou na ABI PrismO3130 Genetic Analyser (Applied Biosystems). Jako velikostní standard byl použit LIZ500 Size Standard.
Classification
Type
D - Article in proceedings
CEP classification
GE - Plant cultivation
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2008
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Article name in the collection
Biotechnology 2008
ISBN
80-85645-58-0
ISSN
—
e-ISSN
—
Number of pages
3
Pages from-to
—
Publisher name
Scientific Pedagogical Publishing
Place of publication
České Budějovice
Event location
České Budějovice
Event date
Jan 1, 2008
Type of event by nationality
EUR - Evropská akce
UT code for WoS article
—