Automated processing of UAV images for calculations of vegetation indices and zonal statistics

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F22%3A10175814" target="_blank" >RIV/00027006:_____/22:10175814 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.vurv.cz/vyzkum/software/" target="_blank" >https://www.vurv.cz/vyzkum/software/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Automatizované zpracování UAV snímků pro výpočty vegetačních indexů a zonálních statistik

Original language description

Software vznikl jako výstup projektu &quot;Využití zobrazovacích metod pro automatické fenotypování ve šlechtění na rezistenci k biotickým a abiotickým stresům u pšenice&quot;. Pracuje s rastrovými ortorektifikovanými vrstvami vrstvy, které reprezentují jednotlivá pásma multispektrálního snímku z konkrétního termínu snímání. Nad těmito vrsztvami je podle je schopen pracovat s ROI (oblastmi zájmu) která definují zóny pro další výpočty. Z těchto vrstev se již vdalším kroku počítá příslušný vegetační index VI. Výpočet probíhá automaticky na základě obecně platného algoritmu.Na výstupu je potom index ukládán ve formátu *.tiff, kde * reprezentuje kombinaci termínu a indexu (př. 20210604ndvi.tif). Vkódu jsou vtuto chvíli zadány algoritmy pro výpočet těchto VI: SR (Simple Ratio)NIR/R .NDVI (Normalized Difference Vegetation Index)(NIR -R)/(NIR + R), GNDVI (Green Normalized Difference Vegetation Index)(NIR -Green)/(NIR + Green), SAVI (Soil Adjusted Vegetation Index) (1.5*(NIR-R))/(NIR+R+0.5), EVI (Enhanced Vegetation Index)2.5*(NIR-R)/(NIR + 6*R -7.5*B + 1), MCARI (Modified Chlorophyll Absorption Ratio Index)((NIR-R)-0.2*(NIR-G))*(NIR/R), NDRE (Normalized Difference Red Edge Index) (NIR -RE)/(NIR + RE), ExG (Excess Green Index)2*g-r-b, ExR (Excess Red Index)1.4(g-b), ExG-ExRdifference of ExG and ExR. Na výstupu ke každé ROI / zóně identifikované jedinačným ID je přiřazena hodnota VI, která je počítána je počítána jako vážený průměr hodnot VI. Výsledky zonální statistiky ZS jsou ukládány do souboru *.csv. Výsledná tabulka pak obsahuje ZS pro každou zónu vjednotlivých termínech. Na jejím základě lze dále zobrazovat např. vývoj indexu během sezóny a porovnávat tento vývoj vjednotlivých částech pozemku.

Czech name

Automatizované zpracování UAV snímků pro výpočty vegetačních indexů a zonálních statistik

Czech description

Software vznikl jako výstup projektu &quot;Využití zobrazovacích metod pro automatické fenotypování ve šlechtění na rezistenci k biotickým a abiotickým stresům u pšenice&quot;. Pracuje s rastrovými ortorektifikovanými vrstvami vrstvy, které reprezentují jednotlivá pásma multispektrálního snímku z konkrétního termínu snímání. Nad těmito vrsztvami je podle je schopen pracovat s ROI (oblastmi zájmu) která definují zóny pro další výpočty. Z těchto vrstev se již vdalším kroku počítá příslušný vegetační index VI. Výpočet probíhá automaticky na základě obecně platného algoritmu.Na výstupu je potom index ukládán ve formátu *.tiff, kde * reprezentuje kombinaci termínu a indexu (př. 20210604ndvi.tif). Vkódu jsou vtuto chvíli zadány algoritmy pro výpočet těchto VI: SR (Simple Ratio)NIR/R .NDVI (Normalized Difference Vegetation Index)(NIR -R)/(NIR + R), GNDVI (Green Normalized Difference Vegetation Index)(NIR -Green)/(NIR + Green), SAVI (Soil Adjusted Vegetation Index) (1.5*(NIR-R))/(NIR+R+0.5), EVI (Enhanced Vegetation Index)2.5*(NIR-R)/(NIR + 6*R -7.5*B + 1), MCARI (Modified Chlorophyll Absorption Ratio Index)((NIR-R)-0.2*(NIR-G))*(NIR/R), NDRE (Normalized Difference Red Edge Index) (NIR -RE)/(NIR + RE), ExG (Excess Green Index)2*g-r-b, ExR (Excess Red Index)1.4(g-b), ExG-ExRdifference of ExG and ExR. Na výstupu ke každé ROI / zóně identifikované jedinačným ID je přiřazena hodnota VI, která je počítána je počítána jako vážený průměr hodnot VI. Výsledky zonální statistiky ZS jsou ukládány do souboru *.csv. Výsledná tabulka pak obsahuje ZS pro každou zónu vjednotlivých termínech. Na jejím základě lze dále zobrazovat např. vývoj indexu během sezóny a porovnávat tento vývoj vjednotlivých částech pozemku.

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Project

<a href="/en/project/QK1910041" target="_blank" >QK1910041: Imaging methods for automatic phenotyping in wheat breeding for resistance to biotic and abiotic stresses</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2022

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

AuvegSoft

Technical parameters

https://www.vurv.cz/vyzkum/software/

Economical parameters

Softwarový algoritmus

Owner IČO

00027006

Owner name

Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i., Drnovská 507, Praha 6, 16100