Characterization of genetic diversity in populations of genetic resources of Czech Red cattle and Czech Pied cattle based on genomic analysis of SNP markers

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F20%3AN0000123" target="_blank" >RIV/00027014:_____/20:N0000123 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://vuzv.cz/_privat/20120.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/_privat/20120.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Charakterizace genetické diverzity populací genetických zdrojů české červinky a českého strakatého skotu na základě genomické analýzy SNP markerů

Original language description

Genetické zdroje (GZ) jsou unikátním a nenahraditelným zdrojem genů pro další zlepšování biologického a hospodářského potenciálu produkčních organismů v zemědělství. Zachování agrobiodiverzity umožňuje čelit změnám prostředí a klimatu, odolávat novým patogenům a rozšiřovat možnosti šlechtění. Cílem studie byl odhad parametrů genetické diverzity GZ české červinky a původního nezušlechtěného plemene českého strakatého skotu a dále porovnání původní české červinky s revitalizovanou populací červinky, která vznikla po převodném křížení s českým strakatým skotem. Genomická analýza SNP markerů a stanovení genotypů bylo provedeno pomocí hybridizace purifikované DNA na standartních bovinních 50K BeadChip miroarrays. Parametry genetické diverzity - heterozygotnost (H), koeficient inbreedingu (FIS), fixační index (FST) a struktura genetické variability (PCA analýza) byly odhadnuty programem PLINK. Studie prokázala značný stupeň alelického polymorfismu (92,6 - 94,32 %) avšak nižší hodnoty průměrné heterozygotnosti jednotlivých subpopulací (0,362 – 0,377). Za velice pozitivní zjištění lze považovat nulové hodnoty průměrného koeficientu inbreedingu FIS. Podle nízkých hodnot fixačního indexu FST a výsledku PCA analýzy nejsou mezi populacemi původní a revitalizované červinky významné genetické rozdíly. Získané poznatky byly poskytnuty Národnímu referenčnímu středisku pro genetické zdroje zvířat s ohledem na možné využití v cílené ochraně ohrožených genofondů původních plemen českého skotu.

Czech name

Charakterizace genetické diverzity populací genetických zdrojů české červinky a českého strakatého skotu na základě genomické analýzy SNP markerů

Czech description

Genetické zdroje (GZ) jsou unikátním a nenahraditelným zdrojem genů pro další zlepšování biologického a hospodářského potenciálu produkčních organismů v zemědělství. Zachování agrobiodiverzity umožňuje čelit změnám prostředí a klimatu, odolávat novým patogenům a rozšiřovat možnosti šlechtění. Cílem studie byl odhad parametrů genetické diverzity GZ české červinky a původního nezušlechtěného plemene českého strakatého skotu a dále porovnání původní české červinky s revitalizovanou populací červinky, která vznikla po převodném křížení s českým strakatým skotem. Genomická analýza SNP markerů a stanovení genotypů bylo provedeno pomocí hybridizace purifikované DNA na standartních bovinních 50K BeadChip miroarrays. Parametry genetické diverzity - heterozygotnost (H), koeficient inbreedingu (FIS), fixační index (FST) a struktura genetické variability (PCA analýza) byly odhadnuty programem PLINK. Studie prokázala značný stupeň alelického polymorfismu (92,6 - 94,32 %) avšak nižší hodnoty průměrné heterozygotnosti jednotlivých subpopulací (0,362 – 0,377). Za velice pozitivní zjištění lze považovat nulové hodnoty průměrného koeficientu inbreedingu FIS. Podle nízkých hodnot fixačního indexu FST a výsledku PCA analýzy nejsou mezi populacemi původní a revitalizované červinky významné genetické rozdíly. Získané poznatky byly poskytnuty Národnímu referenčnímu středisku pro genetické zdroje zvířat s ohledem na možné využití v cílené ochraně ohrožených genofondů původních plemen českého skotu.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

—

OECD FORD branch

40203 - Husbandry

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2020

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Generace za generací: Šlechtění v našich chovech

ISBN

978-80-7403-236-3

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

8

Pages from-to

30-37

Publisher name

Výzkumný ústav živočišné výroby, v.v.i.

Place of publication

Praha Uhříněves

Event location

Praha Uhříněves

Event date

Oct 8, 2020

Type of event by nationality

CST - Celostátní akce

UT code for WoS article

—