PxSNP v1.0
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F20%3AN0000129" target="_blank" >RIV/00027014:_____/20:N0000129 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://vuzv.cz/_privat/20126.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/_privat/20126.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
PxSNP v1.0
Original language description
Program PxSNP slouží pro úpravu surových genomických dat. Součástí programu je kontrola vstupních údajů pro použitelnost rozličných formátů k dalšímu zpracování a samotná příprava genomických údajů pro imputaci v programu FImpute (Sargolzaei et al. 2014). Součástí programu je také simulační balíček SIMPUT, který slouží k ověření přesnosti imputace v závislosti na velikosti referenční populace a množství chybějících SNP. Jedna z částí programu PxSNP je zaměřena na kontrolu rodokmenu a detekce cyklů, které se často v rodokmenech vyskytují. Program PxSNP je schopný připravit surová data k imputaci a následně je upravit pro další použití pomocí zpětného převodu. Zpětný převod upravuje data do původní podoby, případně do podoby vstupního souboru pro předpověď plemenných hodnot v programu BLUPf90 (Mizstal et al. 2018).
Czech name
PxSNP v1.0
Czech description
Program PxSNP slouží pro úpravu surových genomických dat. Součástí programu je kontrola vstupních údajů pro použitelnost rozličných formátů k dalšímu zpracování a samotná příprava genomických údajů pro imputaci v programu FImpute (Sargolzaei et al. 2014). Součástí programu je také simulační balíček SIMPUT, který slouží k ověření přesnosti imputace v závislosti na velikosti referenční populace a množství chybějících SNP. Jedna z částí programu PxSNP je zaměřena na kontrolu rodokmenu a detekce cyklů, které se často v rodokmenech vyskytují. Program PxSNP je schopný připravit surová data k imputaci a následně je upravit pro další použití pomocí zpětného převodu. Zpětný převod upravuje data do původní podoby, případně do podoby vstupního souboru pro předpověď plemenných hodnot v programu BLUPf90 (Mizstal et al. 2018).
Classification
Type
R - Software
CEP classification
—
OECD FORD branch
40203 - Husbandry
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QK1810253" target="_blank" >QK1810253: Improvement of national-wide genomic evaluation of dairy cattle by including cows with domestic production records into genotyped reference population</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2020
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
PxSNP
Technical parameters
Software PxSNP je volně dostupný software, vyvinutý na Výzkumném ústavě živočišné výroby, v.v.i. Praha v rámci řešení projektu NAZV QK1810253 „Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace“. Programy balíčku PxSNP jsou dostupné jako spustitelné (*.exe) soubory. Tyto soubory lze spustit pod operačními systémy Windows, Linux a MacOS ve variantách 32 a 64 bit. Software PxSNP byl napsán v programovacím jazyce #C s pomocí softwarové platformy Microsoft Visual Studio 2019. Pro jeho správný běh je zapotřebí mít nainstalovaný .NET Core Runtime 3.1.
Economical parameters
Přinosem softwaru je zjednodušená úprava a kontrola genomických dat pro účely imputace chybějících SNP. Imputace, jako nový postup úpravy dat umožňuje snížení nákladů s genotypováním populace hospodářských zvířat. Dalším využitím, je následná úprava dat po imputaci, která umožňuje efektivní začlenění těchto postupů do provozního odhadu genomických plemenných hodnot.
Owner IČO
00027014
Owner name
VÝZKUMNÝ ÚSTAV ŽIVOČIŠNÉ VÝROBY, v.v.i. V UHŘÍNĚVSI