Evaluation of pigs inbreeding
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F22%3AN0000234" target="_blank" >RIV/00027014:_____/22:N0000234 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://vuzv.cz/_privat/22236.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/_privat/22236.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Zhodnocení příbuznosti prasat
Original language description
Studie byla zaměřena na současnou analýzu genetické diverzity lokálního přeštického černostrakatého plemene prasat pomocí genealogických a za použití SNP dat. Rodokmenový soubor zohledňoval informace o otci, matce, datu narození, pohlaví, plemenné linii a stádu pro 1971 jedinců. Analýza SNP (n=181) byla provedena na čipu Illumina PorcineSNP60 BeadChip. Byla vyhodnocena kvalita rodokmenu a SNP dat spolu s koeficienty příbuzenské plemenitby (F) a efektivní velikostí populace (Ne). Spearmanovy pořadové korelace zohledňovaly vztah mezi F vypočteným na základě ROH (s minimální délkou v Mbp) a Fped tj. dle inbreedingu rodokmenu. Průměrná hodnota Fped pro všechna zvířata byla 3,44 %, zatímco Froh se pohybovala od 10,81 % pro minimální velikost 1 Mbp do 3,98 % pro Froh s 16 Mbp. Průměrná minoritní alela byla 0,282 ± 0,109. Pozorovaná (Ho) a očekávaná (He) heterozygotnost byla 0,382 ± 0,126 a 0,372 ± 0,119. Efektivní velikost populace získaná na základě obou základních zdrojů dat, dosahovala hodnot kolem 50 zvířat. Mírné korelační koeficienty (0,491-0,542) byly zjištěny mezi Fped a Froh. Přestože jsou genealogické údaje zaznamenány na vysoké úrovni, měly by závěry z analýz dat SNP hrát větší roli při rozhodování při zachovávání a ochraně genetické diverzity plemene.
Czech name
Zhodnocení příbuznosti prasat
Czech description
—
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
40203 - Husbandry
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QK1910217" target="_blank" >QK1910217: Creation of a reference population and development of methods for estimating genomic breeding values of pig traits included into the Czech National Breeding Program.</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2022
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů