Real-time PCR for quantitation of bovine viral diarrhea virus RNA using SYBR Green I fluorimetry

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F07%3A%230000227" target="_blank" >RIV/00027162:_____/07:#0000227 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Real-time PCR for quantitation of bovine viral diarrhea virus RNA using SYBR Green I fluorimetry

Original language description

Quantitative real-time RT-PCR (qRT-PCR) assay was developed for the detection and quantification of bovine viral diarrhea virus (BVDV) in clinical samples from persistently infected cattle. qRT-PCR was optimized to quantify the number of BVD virus copiesusing Light Cycler detection system and intercalation fluorogenic dye SYBR Green I. A universal set of primers was selected from a highly conserved 5' untranslated region to detect BVDV type I and II simultaneously. Analysis of 290 bp amplicons enabledmonitoring of the viral RNA/BVDV level in a total of five BVDV strains and sixteen bulk milk samples, and in bovine sera of persistent carriers originating from Czech farms, as well as in a batch of calf serum for cell culture. Melting temperatures of amplicons of BVDV strains of the same genotype group I as the NADL reference strain showed variability of the thermal points, however no significant differences were observed in Tm values between the representatives of genotype group I and

Czech name

Real-time PCR pro kvantifikaci RNA viru bovinní virové diarhoey pomocí SYBR Green I fluorimetrie

Czech description

Kvantitativní RT-PCR v reálném čase (qRT-PCR) byla vyvinuta pro detekci a kvantifikaci viru bovinní virové diarrhoey (BVDV) v klinických vzorcích perzistentně infikovaného skotu. qRT-PCR byla optimalizována pro stanovení počtu kopií viru BVD prostřednictvím Light Cycler detekčního systému a interkalárního fluorogenního barviva SYBR Green I. Sada univerzálních primerů pro detekci BVDV typu I a II byla navržena z vysoce konzervované 5' nepřekládané oblasti. Analýza amplionů o velikosti 290 bp umožnila sledovat hladinu virové RNA/BVDV celkem u pěti BVDV kmenů, šestnácti bazénových vzorků mlék a bovinních sér od perzistentních nosičů v českých stádech, ale i z šarže telecího séra určeného ke kultivaci buněčných kultur. Teploty tání amplionů BVDV kmenů stejné genotypové skupiny I jako referenční kmen NADL ukázaly na variabilitu teplotních bodů, avšak významné rozdíly nebyly pozorovány v hodnotách Tm mezi zástupci genotypové skupiny I a II.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/1B44021" target="_blank" >1B44021: The development of new diagnostic method and their application in eradication of production diseases of viral aetiology (IBR, BVD-MD).</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Veterinární medicína

ISSN

0375-8427

e-ISSN

—

Volume of the periodical

52

Issue of the periodical within the volume

6

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

9

Pages from-to

253-261

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—