Differentiation of Eight Trichinella Species Using a High Resolution Melting (HRM) Analysis
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F18%3AN0000023" target="_blank" >RIV/00027162:_____/18:N0000023 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2018.pdf" target="_blank" >http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2018.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Rozlišení osmi druhů parazitických hlístic rodu Trichinella s využitím High Resolution Melting (HRM) analýzy
Original language description
Hlístice rodu Trichinella (kmen Nematoda), patří mezi celosvětově rozšířené parazity tenkého střeva a buněk příčně pruhované kosterní svaloviny. Napadají více než sto druhů hostitelů, mezi kterými jsou zastoupeni savci, plazi i draví ptáci. Mnozí zástupci rodu Trichinella jsou původci zoonóz, přičemž u člověka způsobují závažné onemocnění nazývané trichinelóza, které bylo doposud dokumentováno v 55 zemích světa. Obecně se zástupci rodu Trichinella dělí do dvou morfologických skupin podle schopnosti svalových larev vytvářet kolem sebe kolagenní pouzdro. Silné pouzdro tvoří šest druhů (T1– T. spiralis, T2 - T. nativa, T3 - T. britovi, T5 - T. murrelli, T7 - T. nelsoni, T12 - T. patagoniensis) a tři další taxonomicky nedefinované genotypy (T6, T8 a T9). Tři druhy (T4 - T. pseudospiralis, T10 - T. papuae a T11 - T. zimbabwensis) toto pouzdro netvoří. Kromě rozdílů ve velikosti a v tvorbě kolagenních pouzder jsou jednotlivé druhy těchto hlístic morfologicky téměř nerozlišitelné. Cílem práce bylo vyvinout metodu umožňující rozlišení jednotlivých druhů parazitických hlístic rodu Trichinella. K tomuto účelu byla zvolena High resolution melting (HRM) analýza – jednoduchá, rychlá a spolehlivá metoda sloužící k detekci genetické variability amplifikovaných DNA fragmentů bez nutnosti sekvenace. Pro analýzu byl zvolen úsek mitochondriálního genu kódující podjednotku I oxidázy cytochromu C (COI), vyznačující se požadovanou konzervovaností nukleotidové sekvence v rámci druhu a zároveň variabilitou mezi blízce příbuznými druhy hlístic. Testováno bylo celkem 37 vzorků DNA – 33 vzorků izolovaných ze svalových larev hlístic referenčních druhů (T. spiralis ISS3, T. nativa ISS10, T. britovi ISS2, T. pseudospiralis ISS13; ISS588, T. nelsoni ISS37, T. murrelli ISS35, T. papuae ISS572 a T. zimbabwensis ISS1029) a 4 „slepé“ vzorky získané z přírodní infekce prasete divokého. Výstupem naší studie jsou druhově specifické křivky s konfidenčními intervaly vytvořené z křivek teplot tání DNA referenčních vzorků, které svým charakteristickým průběhem a tvarem umožňují jednoznačné odlišení osmi druhů hlístic rodu Trichinella. Všechny „slepé“ vzorky byly na základě vytvořených konfidenčních intervalů určeny jako T. britovi.
Czech name
Rozlišení osmi druhů parazitických hlístic rodu Trichinella s využitím High Resolution Melting (HRM) analýzy
Czech description
Hlístice rodu Trichinella (kmen Nematoda), patří mezi celosvětově rozšířené parazity tenkého střeva a buněk příčně pruhované kosterní svaloviny. Napadají více než sto druhů hostitelů, mezi kterými jsou zastoupeni savci, plazi i draví ptáci. Mnozí zástupci rodu Trichinella jsou původci zoonóz, přičemž u člověka způsobují závažné onemocnění nazývané trichinelóza, které bylo doposud dokumentováno v 55 zemích světa. Obecně se zástupci rodu Trichinella dělí do dvou morfologických skupin podle schopnosti svalových larev vytvářet kolem sebe kolagenní pouzdro. Silné pouzdro tvoří šest druhů (T1– T. spiralis, T2 - T. nativa, T3 - T. britovi, T5 - T. murrelli, T7 - T. nelsoni, T12 - T. patagoniensis) a tři další taxonomicky nedefinované genotypy (T6, T8 a T9). Tři druhy (T4 - T. pseudospiralis, T10 - T. papuae a T11 - T. zimbabwensis) toto pouzdro netvoří. Kromě rozdílů ve velikosti a v tvorbě kolagenních pouzder jsou jednotlivé druhy těchto hlístic morfologicky téměř nerozlišitelné. Cílem práce bylo vyvinout metodu umožňující rozlišení jednotlivých druhů parazitických hlístic rodu Trichinella. K tomuto účelu byla zvolena High resolution melting (HRM) analýza – jednoduchá, rychlá a spolehlivá metoda sloužící k detekci genetické variability amplifikovaných DNA fragmentů bez nutnosti sekvenace. Pro analýzu byl zvolen úsek mitochondriálního genu kódující podjednotku I oxidázy cytochromu C (COI), vyznačující se požadovanou konzervovaností nukleotidové sekvence v rámci druhu a zároveň variabilitou mezi blízce příbuznými druhy hlístic. Testováno bylo celkem 37 vzorků DNA – 33 vzorků izolovaných ze svalových larev hlístic referenčních druhů (T. spiralis ISS3, T. nativa ISS10, T. britovi ISS2, T. pseudospiralis ISS13; ISS588, T. nelsoni ISS37, T. murrelli ISS35, T. papuae ISS572 a T. zimbabwensis ISS1029) a 4 „slepé“ vzorky získané z přírodní infekce prasete divokého. Výstupem naší studie jsou druhově specifické křivky s konfidenčními intervaly vytvořené z křivek teplot tání DNA referenčních vzorků, které svým charakteristickým průběhem a tvarem umožňují jednoznačné odlišení osmi druhů hlístic rodu Trichinella. Všechny „slepé“ vzorky byly na základě vytvořených konfidenčních intervalů určeny jako T. britovi.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2018
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů