Bovine paratuberculosis - herd certification

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F19%3AN0000132" target="_blank" >RIV/00027162:_____/19:N0000132 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.vri.cz/cz/vyzkum/aplikovane_vysledky/software" target="_blank" >https://www.vri.cz/cz/vyzkum/aplikovane_vysledky/software</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

PTB – certifikace stád

Original language description

Software pro webovou aplikaci „PTB – certifikace stád“ byl vyvinut za účelem vybudování národního systému on-line evidence výsledků vyšetření na paratuberkulózu skotu (PTB) u dobrovolně zapojených stád/hospodářství dojeného skotu a jejich kategorizace dle nákazového statusu (statusy A – D). Tento systém poslouží i k moderování procesu certifikace certifikační autoritou - Českomoravskou společností chovatelů, a. s. (ČMSCH, a. s.). Status hospodářství, resp. jeho pomocné podúrovně vyjadřující i jeho průběžný postup v certifikaci, může chovatel prezentovat/ nechat zpřístupnit všem uživatelům aplikace Přístup k datům – Internet pro chovatele ČMSCH, a. s., nebo i na běžném internetu. Aplikace PTB – certifikace stád je samostatnou nadstavbou webové aplikace (WA) Přístup k datům provozované ČMSCH, a. s., která je přístupná všem zaregistrovaným uživatelům, především chovatelům skotu, či jejich zástupcům. Technické parametry: Při vývoji webové aplikace PTB – certifikace stád byl použit čistý programovací a skriptovací jazyk PHP, databáze MySQL, značkovací jazyk HTML5, kaskádové styly CSS3 a skriptovací jazyk JavaScript. Aplikace je umístěna na platformě Apache (Linux) v rámci dedikovaného serveru ČMSCH, a. s. WA sestává ze dvou částí, uživatelské a administrační. Pro chovatele/uživatele byly v uživatelské části WA vytvořeny moduly Úvod, Výsledky (vyšetření vzorků), Upozornění (e-mailová, SMS e-mailová), Historie (dosažených statusů) a Nastavení cílů (cílových statusů PTB), Přehledy (postupu vlastních, všech zapojených hospodářství/chovatelů v certifikaci), Časté dotazy (a odpovědi) a Novinky a články. V administrační části byly vytvořeny moduly pro správu WA PTB – certifikace stád: 1) Laboratoře: správa autorizovaných laboratoří, které mají oprávnění dodávat data/výsledky vyšetření na PTB do WA, 2) Diagnózy: správa atributů typů výsledků/diagnóz PTB, 3) Import: přehled naimportovaných výsledků, 4) a 5) Časté dotazy a Novinky a články: správa stejnojmenných modulů na uživatelské části WA. WA zohledňuje a moderuje to, že všechny odběry pro certifikaci mají proběhnout v různých specifických lhůtách. WA přijímá, ukládá a následně zpracovává dle originálních algoritmů výsledky vyšetření I) směsných vzorků za celé stádo, pokud chovatel usiluje o dosažení a udržení statusu C a B. Pro status B do zpracovávání výsledků navíc vstupují možnosti opravných vyšetření po pozitivním výsledku či po překročení lhůty. II) V rámci úsilí chovatele o dosažení a udržení statusu A zpracovává WA výsledky vyšetření základních a konfirmačních individuálních vzorků. Do zpracovávání výsledků pro status A navíc vstupuje termínované vyřazování plemenic s pozitivním výsledkem základního nebo i konfirmačního vyšetření a jejich podíl ze všech povinně vyšetřených v rámci základních plošných odběrů. Propojení WA u individuálních výsledků vyšetření, resp. jejich odesílání i do sesterské webové aplikace Deník nemocí a léčení poskytuje chovateli možnost získat kompletní přehled o aktuálním zdravotním stavu jednotlivých zvířat ve svém stádě. Aplikace PTB – certifikace stád představuje klíčový nástroj pro naplnění uvedeného projektu, který si mj. klade za cíl přispět k omezení šíření PTB jak mezi chovy, tak uvnitř jednotlivých hospodářství a omezit tak v ČR vstup původce PTB do humánního potravinového řetězce.

Czech name

PTB – certifikace stád

Czech description

Software pro webovou aplikaci „PTB – certifikace stád“ byl vyvinut za účelem vybudování národního systému on-line evidence výsledků vyšetření na paratuberkulózu skotu (PTB) u dobrovolně zapojených stád/hospodářství dojeného skotu a jejich kategorizace dle nákazového statusu (statusy A – D). Tento systém poslouží i k moderování procesu certifikace certifikační autoritou - Českomoravskou společností chovatelů, a. s. (ČMSCH, a. s.). Status hospodářství, resp. jeho pomocné podúrovně vyjadřující i jeho průběžný postup v certifikaci, může chovatel prezentovat/ nechat zpřístupnit všem uživatelům aplikace Přístup k datům – Internet pro chovatele ČMSCH, a. s., nebo i na běžném internetu. Aplikace PTB – certifikace stád je samostatnou nadstavbou webové aplikace (WA) Přístup k datům provozované ČMSCH, a. s., která je přístupná všem zaregistrovaným uživatelům, především chovatelům skotu, či jejich zástupcům. Technické parametry: Při vývoji webové aplikace PTB – certifikace stád byl použit čistý programovací a skriptovací jazyk PHP, databáze MySQL, značkovací jazyk HTML5, kaskádové styly CSS3 a skriptovací jazyk JavaScript. Aplikace je umístěna na platformě Apache (Linux) v rámci dedikovaného serveru ČMSCH, a. s. WA sestává ze dvou částí, uživatelské a administrační. Pro chovatele/uživatele byly v uživatelské části WA vytvořeny moduly Úvod, Výsledky (vyšetření vzorků), Upozornění (e-mailová, SMS e-mailová), Historie (dosažených statusů) a Nastavení cílů (cílových statusů PTB), Přehledy (postupu vlastních, všech zapojených hospodářství/chovatelů v certifikaci), Časté dotazy (a odpovědi) a Novinky a články. V administrační části byly vytvořeny moduly pro správu WA PTB – certifikace stád: 1) Laboratoře: správa autorizovaných laboratoří, které mají oprávnění dodávat data/výsledky vyšetření na PTB do WA, 2) Diagnózy: správa atributů typů výsledků/diagnóz PTB, 3) Import: přehled naimportovaných výsledků, 4) a 5) Časté dotazy a Novinky a články: správa stejnojmenných modulů na uživatelské části WA. WA zohledňuje a moderuje to, že všechny odběry pro certifikaci mají proběhnout v různých specifických lhůtách. WA přijímá, ukládá a následně zpracovává dle originálních algoritmů výsledky vyšetření I) směsných vzorků za celé stádo, pokud chovatel usiluje o dosažení a udržení statusu C a B. Pro status B do zpracovávání výsledků navíc vstupují možnosti opravných vyšetření po pozitivním výsledku či po překročení lhůty. II) V rámci úsilí chovatele o dosažení a udržení statusu A zpracovává WA výsledky vyšetření základních a konfirmačních individuálních vzorků. Do zpracovávání výsledků pro status A navíc vstupuje termínované vyřazování plemenic s pozitivním výsledkem základního nebo i konfirmačního vyšetření a jejich podíl ze všech povinně vyšetřených v rámci základních plošných odběrů. Propojení WA u individuálních výsledků vyšetření, resp. jejich odesílání i do sesterské webové aplikace Deník nemocí a léčení poskytuje chovateli možnost získat kompletní přehled o aktuálním zdravotním stavu jednotlivých zvířat ve svém stádě. Aplikace PTB – certifikace stád představuje klíčový nástroj pro naplnění uvedeného projektu, který si mj. klade za cíl přispět k omezení šíření PTB jak mezi chovy, tak uvnitř jednotlivých hospodářství a omezit tak v ČR vstup původce PTB do humánního potravinového řetězce.

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

40301 - Veterinary science

Project

<a href="/en/project/QK1820086" target="_blank" >QK1820086: Paratuberculosis – prevalence and control programme in cattle herds</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

Software 376/2020

Technical parameters

Systémové prostředí: Webová aplikace PTB – certifikace stád byla vyvinuta pomocí originálních algoritmů a postupů na míru požadavků zadavatele v čistém programovacím a skriptovacím jazyce PHP s využitím databáze MySQL, aniž by byl jako základ použit existující systém či softwarové nástroje třetích stran. Výjimkou je pouze propojení některých modulů s aplikací Přístup k datům, jako např. Správa uživatelů aplikace PTB. Aplikace je umístěna na platformě Apache (Linux) v rámci dedikovaného serveru společnosti ČMSCH, a. s. Originální algoritmy pro zpracování a výstup dat jsou vyvíjeny na platformě aktuální verze programovacího a skriptovacího jazyka PHP, která zajišťuje bezpečnost celé aplikace v podobě pravidelných bezpečnostních aktualizací. Při tvorbě aplikace byly dále použity: značkovací jazyk HTML5, kaskádové styly CSS3, databáze MySQL a skriptovací jazyk JavaScript. Systémové požadavky: Pro využívání aplikace PTB – certifikace stád je nutné být registrovaným uživatelem aplikace Přístup k datům společnosti ČMSCH, a. s. a dále je třeba splnit následující podmínky: přístup k síti Internet a aktuální verze internetového prohlížeče (Firefox, Chrome, Opera, Internet Explorer (Edge) apod.). Přístup do aplikace: Přístup do aplikace je umožněn pouze registrovaným uživatelům po zadání uživatelského jména a hesla na adrese aplikace Přístup k datům: https://data-demo.cmsch.cz/. Po úspěšném přihlášení je třeba vybrat v menu položku PTB. Před prvním vstoupením do aplikace PTB – certifikace stád chovatel musí potvrdit, že souhlasí s tím, že pořízená data mohou být dále anonymně využita v monitorování nákazové situace PTB v ČR a pro odhad promoření stád dojeného skotu v ČR, případně v souhrnných celostátních přehledech. Na úvodní stránce WA je pak trvale zobrazováno datum odsouhlasení podmínek použití aplikace PTB - certifikace stád.

Economical parameters

V souladu se smlouvou uzavřenou mezi MZe ČR a VÚVeL bude software po skončení řešení projektu bezplatně předán k užívání chovatelům dojeného skotu v ČR, pro které ho bude spravovat ČMSCH a. s., organizace MZe pověřená plněním úkolů vyplývajících z ustanovení § 23 zákona č. 154/2000 Sb., (plemenářský zákon). Podle zákona č. 110/1997 Sb. O potravinách a zákona č. 154/2000 Sb. O šlechtění, plemenitbě a evidenci hospodářských zvířat ve znění pozdějších předpisů je ČMSCH právnická osoba pověřená ministerstvem k výkonu činností podle jednotlivých bodů § 23c. Jmenovitě podle odstavců 1 a 2 a §7 je povinna poskytovat chovatelům a oprávněným osobám údaje, zpracovávat, zveřejňovat a evidovat výsledky. V souladu s doporučením Rady vlády pro výzkum uvádíme, že ČMSCH nevytváří těmito činnostmi zisk, poskytuje široké chovatelské veřejnosti co nejobjektivnější údaje a vyhodnocením celostátních databází vytváří podklady pro prokázání kvality především plemenářské práce chovatelů.

Owner IČO

00027162

Owner name

Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i.