Construction and stability testing of the reference standard for the detection and quantification of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in faeces by qPCR
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F19%3AN0000260" target="_blank" >RIV/00027162:_____/19:N0000260 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/00027162:_____/19:N0000322
Result on the web
<a href="http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf" target="_blank" >http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Konstrukce a testování stability referenčního standardu pro detekci a kvantifikaci Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis v trusu metodou qPCR
Original language description
15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích – poster. Kvantitativní PCR (qPCR) v dnešní době představuje jednu z nejvíce využívaných přímých metod detekce a kvantifikace Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP). Množství MAP stanovené pomocí qPCR však závisí na typu použitého kvantifikačního standardu qPCR (plazmid, izolovaná DNA), což v praxi může vést k situaci, kdy není možné navzájem porovnat výsledky stanovené různými testy qPCR v různých laboratořích. Vytvoření referenčního standardu by mělo přinést sjednocení kvantifikačních standardů při detekci MAP a umožnit porovnávání kvantitativních dat mezi různými laboratořemi. Cílem této studie bylo vytvořit prototyp referenčního standardu pro kvantifikaci MAP v trusu metodou qPCR, nalézt vhodnou matrici pro uchovávání a otestovat stabilitu a reprodukovatelnost v průběhu času. S ohledem na stabilitu, uchovávání a případnou přepravu byla jako nejvhodnější forma standardu zvolena lyofilizovaná suspenze trusu, která byla uměle kontaminována referenčním kmenem MAP. Celkem bylo použito pět typů lyofilizačních matric a ve čtrnáctidenních intervalech byl sledován jejich vliv na stabilitu MAP. Z lyofilizovaného standardu byla izolována DNA pomocí standardizovaného protokolu a následně byla provedena kvantifikace MAP metodou qPCR. Byla vybrána nejvhodnější lyofilizační matrice, která bude následně testována při různých skladovacích podmínkách.
Czech name
Konstrukce a testování stability referenčního standardu pro detekci a kvantifikaci Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis v trusu metodou qPCR
Czech description
15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích – poster. Kvantitativní PCR (qPCR) v dnešní době představuje jednu z nejvíce využívaných přímých metod detekce a kvantifikace Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP). Množství MAP stanovené pomocí qPCR však závisí na typu použitého kvantifikačního standardu qPCR (plazmid, izolovaná DNA), což v praxi může vést k situaci, kdy není možné navzájem porovnat výsledky stanovené různými testy qPCR v různých laboratořích. Vytvoření referenčního standardu by mělo přinést sjednocení kvantifikačních standardů při detekci MAP a umožnit porovnávání kvantitativních dat mezi různými laboratořemi. Cílem této studie bylo vytvořit prototyp referenčního standardu pro kvantifikaci MAP v trusu metodou qPCR, nalézt vhodnou matrici pro uchovávání a otestovat stabilitu a reprodukovatelnost v průběhu času. S ohledem na stabilitu, uchovávání a případnou přepravu byla jako nejvhodnější forma standardu zvolena lyofilizovaná suspenze trusu, která byla uměle kontaminována referenčním kmenem MAP. Celkem bylo použito pět typů lyofilizačních matric a ve čtrnáctidenních intervalech byl sledován jejich vliv na stabilitu MAP. Z lyofilizovaného standardu byla izolována DNA pomocí standardizovaného protokolu a následně byla provedena kvantifikace MAP metodou qPCR. Byla vybrána nejvhodnější lyofilizační matrice, která bude následně testována při různých skladovacích podmínkách.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/VI20152020044" target="_blank" >VI20152020044: Multiplex xMAP technology for a complex detection of pathogenic agents significant for the protection of human and animal health</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2019
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů