Genetic diversity of Listeria monocytogenes human strains in the Czech Republic in 2016-2020
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F22%3AN0000076" target="_blank" >RIV/00027162:_____/22:N0000076 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/62157124:16270/22:43880420
Result on the web
<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2022-2-24/geneticka-rozmanitost-humannich-kmenu-listeria-monocytogenes-v-ceske-republice-v-letech-2016-2020-131398" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2022-2-24/geneticka-rozmanitost-humannich-kmenu-listeria-monocytogenes-v-ceske-republice-v-letech-2016-2020-131398</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Genetická rozmanitost humánních kmenů Listeria monocytogenes v České republice v letech 2016–2020
Original language description
Cíl práce: Cílem studie bylo určit genetickou rozmanitost humánních izolátů získaných v letech 2016-2020 z klinických laboratoří z různých lokalit České republiky s ohledem na možné epidemické souvislosti a virulenci Listeria monocytogenes za využití dat celogenomového sekvenování. Metody: Ve studii byl použit soubor 102 humánních izolátů L. monocytogenes, u kterých byl určen sérotyp sklíčkovou aglutinací v kombinaci s multiplex PCR sérotypizací. Retrospektivně bylo provedeno celogenomové sekvenování a na základě získaných dat byla posouzena klonální příbuznost testovaných kmenů a přítomnost genů virulence pomocí softwaru Ridom SeqSphere+. Výsledky: V období let 2016-2020 bylo celkem charakterizováno 102 humánních izolátů L. monocytogenes, což činí 65 % ze všech hlášených případů listerióz registrovaných ve sledovaném období v ČR v systémech ISIN/EPIDAT. Dominantní zastoupení měl sérotyp 1/2a (57 %), následoval sérotyp 4b (30 %) a jen ojediněle byly detekovány kmeny sérotypu 1/2b (12 %) a 1/2c (1 %). Na základě analýzy celogenomových dat byly kmeny zařazeny k 26 klonálním komplexům a 27 sekvenačním typům. Porovnáním cgMLST (core genome Multi-Locus Sequence Typing) byly detekovány čtyři klastry o více jak třech kmenech vykazující vysokou příbuznost (rozdíly do 10 alel) s možnou epidemickou souvislostí. U všech kmenů byla potvrzena přítomnost klíčových genů virulence. Pouze u tří kmenů (sérotypu 1/2a, 1/2b a 1/2c) byla detekována bodová mutace v genu inlA spojovaná s expresí zkráceného proteinu internalinu A, který je zapojený do mechanismu přestupu L. monocytogenes intestinální bariérou. Závěr: Molekulární epidemiologie založená na celogenomovém sekvenování představuje účinný nástroj ke studiu populační struktury kmenů L. monocytogenes a umožňuje predikovat možné epidemické klastry dříve a účinněji než běžně používané epidemiologické metody. Při interpretaci výsledků molekulárně-biologických metod je vždy nutná úzká spolupráce s epidemiology.
Czech name
Genetická rozmanitost humánních kmenů Listeria monocytogenes v České republice v letech 2016–2020
Czech description
—
Classification
Type
J<sub>imp</sub> - Article in a specialist periodical, which is included in the Web of Science database
CEP classification
—
OECD FORD branch
10606 - Microbiology
Result continuities
Project
—
Continuities
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2022
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie
ISSN
1210-7913
e-ISSN
1805-451X
Volume of the periodical
71
Issue of the periodical within the volume
2
Country of publishing house
CZ - CZECH REPUBLIC
Number of pages
7
Pages from-to
102-108
UT code for WoS article
000840260400001
EID of the result in the Scopus database
2-s2.0-85124814775