Genotyping and virulence factor gene survey in Streptococcus uberis using whole-genome sequencing

Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F24%3AN0000010" target="_blank" >RIV/00027162:_____/24:N0000010 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://vetweb.cz/genotypizace-a-pruzkum-faktoru-virulence-u-streptococcus-uberis-pomoci-celogenomoveho-sekvenovani/" target="_blank" >https://vetweb.cz/genotypizace-a-pruzkum-faktoru-virulence-u-streptococcus-uberis-pomoci-celogenomoveho-sekvenovani/</a>
DOI - Digital Object Identifier
—

Result language
čeština
Original language name
Genotypizace a průzkum faktorů virulence u Streptococcus uberis pomocí celogenomového sekvenování
Original language description
Sto čtyřicet kmenů S. uberis asociovaných s bovinní mastitidou, pocházejících ze 74 chovů z České republiky, bylo podrobeno genetické charakterizaci pomocí celogenomového sekvenování. Izoláty byly testovány na přítomnost genů antimikrobiální rezistence (AMR), genů kódujících faktory virulence a byla vyhodnocena jejich genetická příbuznost srovnáním jádrového genomu. V naší studii bylo identifikováno 88 různých sekvenčních typů (ST), 39 % izolátů bylo zařazeno ke globálnímu klonálnímu komplexu 5 (GCC5), po jednom izolátu ke GCC86 a GCC143, 59 % izolátů nebylo přiřazeno k žádnému GCC. U izolátů S. uberis bylo identifikováno 51 genů faktorů virulence, většina izolátů obsahovala 27-29 testovaných genů. U některých ST byla zaznamenána tendence k výskytu shluku určitých genů virulence a genů AMR. Analýza neodhalila diverzitu mezi izoláty seskupenými podle GCC nebo prevalence ST. Sekvenční typy identifikované v naší sbírce izolátů byly rozšířeny ve většině hlavních větví fylogenetického stromu.
Czech name
Genotypizace a průzkum faktorů virulence u Streptococcus uberis pomocí celogenomového sekvenování
Czech description
—

Project
<a href="/en/project/QK1910212" target="_blank" >QK1910212: Modern methods of diagnosis, therapy and prevention of mastitis caused by Streptococcus uberis as a tool for designing targeted control programs in cows</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year
2024
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Similar results(10)