Multiple-locus variable number tandem repeat analysis of Bordetella pertussis strains collected in the Czech Republic in 1967-2015: spread of a variant adapted to the population with a high vaccination coverage

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00064203%3A_____%2F16%3A10327958" target="_blank" >RIV/00064203:_____/16:10327958 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/00216208:11130/16:10327958 RIV/00216208:11120/16:43911857 RIV/75010330:_____/16:00011401

Result on the web

<a href="http://www.prolekare.cz/epidemiologie-clanek/multiple-locus-variable-number-tandem-repeat-analyza-souboru-kmenu-bordetella-pertussis-v-cr-z-obdobi-1967-2015-58738" target="_blank" >http://www.prolekare.cz/epidemiologie-clanek/multiple-locus-variable-number-tandem-repeat-analyza-souboru-kmenu-bordetella-pertussis-v-cr-z-obdobi-1967-2015-58738</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Multiple-locus variable number tandem repeat analýza souboru kmenů Bordetella pertussis v ČR z období 1967-2015: rozšíření varianty adaptované na proočkovanou populaci

Original language description

Cíl práce: Cílem práce je Multiple-locus variable number tandem repeat analýza (MLVA) souboru kmenů B. pertussis ze sbírky Národní referenční laboratoře pro pertusi a difterii (NRL/DIPE) Státního zdravotního ústavu (SZÚ) Praha. Jedná se o kmeny získané ze vzorků klinického materiálu převážně na území ČR v téměř padesátiletém období 1967-2015 (červen). Je porovnávána genetická diverzita a zastoupení detekovaných MLVA typů (MT) ve třech obdobích lišících se vakcinační strategií a trendem výskytu pertuse. Na podkladě získaných výsledků je posouzena vhodnost použití metody MLVA pro analýzu epidemických výskytů B. pertussis v ČR. Materiál a metodiky: Vzorky DNA extrahované z kmenů B. pertussis studovaného souboru byly analyzovány metodou MLVA podle standardizovaného postupu. Data byla zpracová-na pomocí algoritmu eBURST, pro statistické zpracování byl zvolen výpočet Simpsonova indexu diverzity (DI). Data byla zpracována pro celý soubor a též odděleně pro skupiny kmenů z tří období: 1967-1980, 1990-2007 a 2008-2015 (červen). Výsledky: V souboru bylo detekováno 14 různých MT, z toho 3 dosud nezjištěné. Nejčetnější byly v celém souboru MT27 a MT29. MT29 převládal v období 1967-1980, MT27 v obdobích 1990-2007 a 2008-2015 (červen). Hodnota DI byla nejnižší (0,49) pro období 2008-2015 (červen), pro dvě předchozí období byly hodnoty vyšší a vzájemně srovnatelné (0,667 pro období 1967-1980 a 0,654 pro období 1990-2007). Závěr: MLVA analýzou souboru kmenů B. pertussis izolovaných z klinického materiálu na území ČR v období 1967-2015 (červen) byl prokázán pokles genetické diverzity ve studované populaci a změny v zastoupení a četnosti jednotlivých MT. Tyto změny lze charakterizovat jako po-stupný nárůst výskytu celosvětově rozšířených MT v České republice na úkor MT regionálně unikátních. Převažujícím MT, stejně jako ve většině geografických oblastí s dlouhodobě proočkovanou populací, je MT27.

Czech name

Multiple-locus variable number tandem repeat analýza souboru kmenů Bordetella pertussis v ČR z období 1967-2015: rozšíření varianty adaptované na proočkovanou populaci

Czech description

Cíl práce: Cílem práce je Multiple-locus variable number tandem repeat analýza (MLVA) souboru kmenů B. pertussis ze sbírky Národní referenční laboratoře pro pertusi a difterii (NRL/DIPE) Státního zdravotního ústavu (SZÚ) Praha. Jedná se o kmeny získané ze vzorků klinického materiálu převážně na území ČR v téměř padesátiletém období 1967-2015 (červen). Je porovnávána genetická diverzita a zastoupení detekovaných MLVA typů (MT) ve třech obdobích lišících se vakcinační strategií a trendem výskytu pertuse. Na podkladě získaných výsledků je posouzena vhodnost použití metody MLVA pro analýzu epidemických výskytů B. pertussis v ČR. Materiál a metodiky: Vzorky DNA extrahované z kmenů B. pertussis studovaného souboru byly analyzovány metodou MLVA podle standardizovaného postupu. Data byla zpracová-na pomocí algoritmu eBURST, pro statistické zpracování byl zvolen výpočet Simpsonova indexu diverzity (DI). Data byla zpracována pro celý soubor a též odděleně pro skupiny kmenů z tří období: 1967-1980, 1990-2007 a 2008-2015 (červen). Výsledky: V souboru bylo detekováno 14 různých MT, z toho 3 dosud nezjištěné. Nejčetnější byly v celém souboru MT27 a MT29. MT29 převládal v období 1967-1980, MT27 v obdobích 1990-2007 a 2008-2015 (červen). Hodnota DI byla nejnižší (0,49) pro období 2008-2015 (červen), pro dvě předchozí období byly hodnoty vyšší a vzájemně srovnatelné (0,667 pro období 1967-1980 a 0,654 pro období 1990-2007). Závěr: MLVA analýzou souboru kmenů B. pertussis izolovaných z klinického materiálu na území ČR v období 1967-2015 (červen) byl prokázán pokles genetické diverzity ve studované populaci a změny v zastoupení a četnosti jednotlivých MT. Tyto změny lze charakterizovat jako po-stupný nárůst výskytu celosvětově rozšířených MT v České republice na úkor MT regionálně unikátních. Převažujícím MT, stejně jako ve většině geografických oblastí s dlouhodobě proočkovanou populací, je MT27.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/NT14058" target="_blank" >NT14058: Study and comparison of the Bordetella pertussis strains isolated during the period 1964-2015 by molecular biological methods and applications of the results as the basis for the draft update of vaccination strategies in the Czech Republic</a><br>

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2016

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Epidemiologie, Mikrobiologie, Imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

—

Volume of the periodical

65

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

10

Pages from-to

102-111

UT code for WoS article

000383137100006

EID of the result in the Scopus database

2-s2.0-84982918607