Resistance of bacterial pathogens isolated from the lower respiratory tract and their clonality in intensive care patients in a post-COVID-19 period

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00098892%3A_____%2F23%3A10158378" target="_blank" >RIV/00098892:_____/23:10158378 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/61989592:15110/23:73623450

Result on the web

<a href="https://trios.cz/odborne-casopisy/kmil/" target="_blank" >https://trios.cz/odborne-casopisy/kmil/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Rezistence bakteriálních agens izolovaných z dolních cest dýchacích pacientů v intenzivní péči a jejich klonalita v pocovidovém období

Original language description

Cil práce: Období pandemie covid-19 výrazně ovlivnilo zdravotnický systém, včetně dopadu na dodržování principů racionální antibiotické politiky, zejména v souvislosti s nozokomiálními pneumoniemi, kdy bylo velmi obtížné odlišit případnou bakteriální i superinfekci od závažné zánětlivé reakce vyvolané virem SARS-CoV-2. Cílem předložené studie byla analýza antimikrobiální rezistence bakteriálních agens izolovaných z dolních cest dýchacích a jejich klonality u pacientů v intenzivní péči v roce 2022 a porovnání s předchozím covidovým obdobím. Materiál a metody: Do studie byly zahrnuty bakteriální kmeny izolované z dolních cest dýchacích (DCD) pacientů hospitalizovaných na Klinice anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny Fakultní nemocnice Olomouc (KARIM) v období tří let (1. 1. 2020 až 31. 12. 2022). Citlivost k antibiotikům byla stanovena standardní diluční mikrometodou podle kritérií EUCAST, u vybraných izolátů bylo provedeno porovnání pomocí pulzní gelové elektroforézy (PFGE). Výsledky: Rezistence nejčastějších bakteriálních agens izolovaných z DCD pacientů hospitalizovaných na KARIM se během covidového (2020–2021) a pocovidového (2022) období výrazně nezměnila, s výjimkou Serratia marcescens a Enterococcus faecium. Tato dvě species vykázala nárůst počtu kmenů během pandemie covid-19 a rovněž významný vzestup podílu rezistentních kmenů. V případě Serratia marcescens došlo k následnému poklesu počtu izolátů i jejich rezistence v roce 2022. V případě Enterococcus faecium celkový počet izolátů rovněž významně klesl, ale četnost vankomycin-rezistentních izolátů (VRE) se nadále zvyšovala. V období pandemie covid-19 lze zvýšený záchyt VRE spojit s klonálním šířením, v roce 2022 se však výrazná klonalita již nepotvrdila. Porovnání podobnosti pomocí PFGE u dalších bakteriálních druhů rovněž neodhalilo významnější horizontální přenos mezi pacienty v pocovidovém období, neboť většina izolátů (85 %) vykazovala jedinečný restrikční profil. Závěr: Výsledky naznačuji, že frekvence i antimikrobiální rezistence většiny nejčastějších bakteriálních agens z dolních cest dýchacích pacientů hospitalizovaných na KARIM v pocovidovém období zůstává srovnatelná s dobou před propuknutím pandemie covid-19 i během ní. Výjimkou je druh Enterococcus faecium, u něhož došlo k nárůstu rezistence k vankomycinu v covidovém i pocovidovém období.

Czech name

Rezistence bakteriálních agens izolovaných z dolních cest dýchacích pacientů v intenzivní péči a jejich klonalita v pocovidovém období

Czech description

Cil práce: Období pandemie covid-19 výrazně ovlivnilo zdravotnický systém, včetně dopadu na dodržování principů racionální antibiotické politiky, zejména v souvislosti s nozokomiálními pneumoniemi, kdy bylo velmi obtížné odlišit případnou bakteriální i superinfekci od závažné zánětlivé reakce vyvolané virem SARS-CoV-2. Cílem předložené studie byla analýza antimikrobiální rezistence bakteriálních agens izolovaných z dolních cest dýchacích a jejich klonality u pacientů v intenzivní péči v roce 2022 a porovnání s předchozim covidovým obdobím. Materiál a metody: Do studie byly zahrnuty bakteriální kmeny izolované z dolních cest dýchacích (DCD) pacientů hospitalizovaných na Klinice anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny Fakultní nemocnice Olomouc (KARIM) v období tří let (1. 1. 2020 až 31. 12. 2022). Citlivost k antibiotikům byla stanovena standardní diluční mikrometodou podle kritérií EUCAST, u vybraných izolátů bylo provedeno porovnání pomocí pulzní gelové elektroforézy (PFGE). Výsledky: Rezistence nejčastějších bakteriálních agens izolovaných z DCD pacientů hospitalizovaných na KARIM se během covidového (2020–2021) a pocovidového (2022) období výrazně nezměnila, s výjimkou Serratia marcescens a Enterococcus faecium. Tato dvě species vykázala nárůst počtu kmenů během pandemie covid-19 a rovněž významný vzestup podílu rezistentních kmenů. V případě Serratia marcescens došlo k následnému poklesu počtu izolátů i jejich rezistence v roce 2022. V případě Enterococcus faecium celkový počet izolátů rovněž významně klesl, ale četnost vankomycin-rezistentních izolátů (VRE) se nadále zvyšovala. V období pandemie covid-19 lze zvýšený záchyt VRE spojit s klonálním šířením, v roce 2022 se však výrazná klonalita již nepotvrdila. Porovnání podobnosti pomocí PFGE u dalších bakteriálních druhů rovněž neodhalilo významnější horizontální přenos mezi pacienty v pocovidovém období, neboť většina izolátů (85 %) vykazovala jedinečný restrikční profil. Závěr: Výsledky naznačuji, že frekvence i antimikrobiální rezistence většiny nejčastějších bakteriálních agens z dolních cest dýchacich pacientů hospitalizovaných na KARIM v pocovidovém období zůstává srovnatelná s dobou před propuknutím pandemie covid-19 i během ní. Výjimkou je druh Enterococcus faecium, u něhož došlo k nárůstu rezistence k vankomycinu v covidovém i pocovidovém období.

Type

J_SC - Article in a specialist periodical, which is included in the SCOPUS database

CEP classification

—

OECD FORD branch

10606 - Microbiology

Project

<a href="/en/project/NU22-B-112" target="_blank" >NU22-B-112: Management of antibiotic treatment in patients with critical Covid-19</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2023

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Klinická mikrobiologie a infekční lékařství

ISSN

1211-264X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

29

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

7

Pages from-to

4-10

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

2-s2.0-85168249751