Hammock - Hidden Markov Model based clustering of short
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00209805%3A_____%2F16%3AN0000193" target="_blank" >RIV/00209805:_____/16:N0000193 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://www.recamo.cz/en/software/hammock-cluster-peptides/" target="_blank" >http://www.recamo.cz/en/software/hammock-cluster-peptides/</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Hammock - Hidden Markov Model based clustering of short
Original language description
Hammock is a software tool for peptide sequence clustering based upon the usage of profile Hidden Markov Models. It is especially suitable for large datasets comprising of short sequences, e.g. data obtained by NGS deep sequencing of Phage Display libraries.
Czech name
—
Czech description
—
Classification
Type
R - Software
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/LO1413" target="_blank" >LO1413: RECAMO2020</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2016
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
Hammock, version 1.0.6
Technical parameters
popis softwaru viz publikace: Krejci, A., Hupp, T., Lexa, M., Vojtesek, B., Muller, P. Hammock: a hidden Markov model-based peptide clustering algorithm to identify 5 protein-interaction consensus motifs in large datasets. Bioinformatics 2016;32(1):9-16. (IF2015: 5,766)
Economical parameters
Vyvinutý SW umožňuje vědecké zpracování rozsáhlého souboru dat - konkrétně shlukuje a třídí sekvence peptidů, což umožňuje hodnocení proteinových interakcí. Bez počítačového zpracování rozsáhlých souborů dat by nebyl v této oblasti další výzkum možný. Protože nebyl sw sloužící k požadovanému účelu dostupný na trhu, byl vyvinut výzkumným týmem. Ekonomický dopad sw je těžko vyčíslitelný, umožní další výzkumné postupy, které by jinak nebyly možné. Sw slouží čistě výzkumným účelům.
Owner IČO
00209805
Owner name
Masarykův onkologický ústav