Molecular sensor for orientative determination of epigenetic markers based on supramolecular polymers in aqueous physiological systems

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11110%2F17%3A10373393" target="_blank" >RIV/00216208:11110/17:10373393 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Molekulární senzor pro orientační stanovení epigenetických markerů na bázi supramolekulárních polymerů ve vodných fyziologických systémech

Original language description

Podstatou technického řešení molekulárního senzoru pro orientační stanovení epigenetických markerů na bází supramolekulárních polymerů ve vodných fyziologických systémech spočívá na kvantitativním spektroskopickém stanovení UV/Vis či fluorescence. Principem je interakce methylovaných oligonukleotidů DNA s chelátorem na bázi derivátu sacharinu za vzniku supramolekulárniho polymeru v pufrovaném vodném roztoku s chrakterristickou spektrální změnou. Funkční vzorek je zejména tvořen srovnávací sadou 5 fluorescenčních kyvet (o délce strany 1 cm z plastu). Do každé kyvety je přidán malý přídavek cca 25 uL koncentrovaného roztoku chelátoru, k němu je přikápnut 25 uL koncentrovaného roztoku příslušného kovového iontu ve vodě. Po promíchání obou roztoků, je přidán roztok obsahující vzorek a objem kyvety je doplněn na 2,4 ml. Daný vzorek je tedy analyticky srovnán pomocí pěti různých supramolekulárních polymerů. Naměřená spektra jsou následně porovnána s knihovnou naměřených standardů. A finálním vyhodnocení je provedena statistickými metodami.

Czech name

Molekulární senzor pro orientační stanovení epigenetických markerů na bázi supramolekulárních polymerů ve vodných fyziologických systémech

Czech description

Podstatou technického řešení molekulárního senzoru pro orientační stanovení epigenetických markerů na bází supramolekulárních polymerů ve vodných fyziologických systémech spočívá na kvantitativním spektroskopickém stanovení UV/Vis či fluorescence. Principem je interakce methylovaných oligonukleotidů DNA s chelátorem na bázi derivátu sacharinu za vzniku supramolekulárniho polymeru v pufrovaném vodném roztoku s chrakterristickou spektrální změnou. Funkční vzorek je zejména tvořen srovnávací sadou 5 fluorescenčních kyvet (o délce strany 1 cm z plastu). Do každé kyvety je přidán malý přídavek cca 25 uL koncentrovaného roztoku chelátoru, k němu je přikápnut 25 uL koncentrovaného roztoku příslušného kovového iontu ve vodě. Po promíchání obou roztoků, je přidán roztok obsahující vzorek a objem kyvety je doplněn na 2,4 ml. Daný vzorek je tedy analyticky srovnán pomocí pěti různých supramolekulárních polymerů. Naměřená spektra jsou následně porovnána s knihovnou naměřených standardů. A finálním vyhodnocení je provedena statistickými metodami.

Type

G_funk - Functional sample

CEP classification

—

OECD FORD branch

10600 - Biological sciences

Project

<a href="/en/project/QJ1610515" target="_blank" >QJ1610515: Nourishment and its influence on the epigenetic profile of the Czech Fleckvieh Breed</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2017

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

QJ1610515V003

Numerical identification

QJ1610515V003

Technical parameters

Výsledky byly ověřeny v rámci projektu QJ1610515. Funkční vzorek molekulárního senzoru byl testován na reálných vzorcích roztoků a standardizovaných vzorcích. Získané výsledky potvrdili inovaci, funkčnost a využitelnost funkčního vzorku pro běžnou praxi. Licenční smlouva nebyla dosud uzavřena. Sensor na bázi supramolekulárního polymeru dle výše uvedeného technického řešení koncipovaný pro orientační stanovení epigenetických markerů bude sloužit jako rychlý screeningový nástroj pro epigenetické profilování ve vodných fyziologických roztocích pro skot. Podstata technického řešení molekulárního senzoru pro orientační stanovení epigenetických markerů na bází supramolekulárních polymerů ve vodných fyziologických systémech spočívá na kvantitativním spektroskopickém stanovení UV/Vis či fluorescence. Principem je interakce methylovaných oligonukleotidů DNA s chelátorem na bázi derivátu sacharinu za vzniku supramolekulárniho polymeru v pufrovaném vodném roztoku s charakteristickou spektrální změnou. Funkční vzorek je zejména tvořen srovnávací sadou 5 fluorescenčních kyvet (o délce strany 1 cm z plastu). Do každé kyvety je přidán malý přídavek cca 25 uL koncentrovaného roztoku chelátoru, k němu je přikápnut 25 uL koncentrovaného roztoku příslušného kovového iontu ve vodě. Po promíchání obou roztoků, je přidán roztok obsahující vzorek a objem kyvety je doplněn na 2,4 ml. Daný vzorek je tedy analyticky srovnán pomocí pěti různých supramolekulárních polymerů. Naměřená spektra jsou následně porovnána s knihovnou naměřených standardů. Finální vyhodnocení je provedeno statistickými metodami. Sekvence DNA standardů (C zastupuje v jednotlivých standardech různě modifikovaný cytosin: nemodifikovaný, 5 methylovaný, 5-hydroxymethylovaný, 5-karboxymethylovaný či 5 formylmethylovaný): 5&apos;CGGGGTACCTTCACTTCAGAATCAACCAAACAGCCAAAACTGTTACATCAGGTTGTGGAGCAGTTACAAAAGGTTCATTTTATCACAGATACCCTGTCAAAGGGTGAGACAAAGTTCATGGGTGTTTGCCAGCTTCCCAGTAAAAATGATGAAAAAGAATATCCACACAGAAGAATTGATATCAGGTTGATACCCAAAGATCAGTATTACTGTGGTGTTCTCTATTTCACTGGGAGTGATATTTTCAATAAGAATATGAGGGCTCATGCCCTAGAAAAGGGTTTCACAATCAATGAGTACACCATCCGTCCCTTGGGAGTCACTGGAGTTGCAGGAGAACCCCTGCCAGTGGATAGTGAAAAAGACATCTTTGATTACATCCAGTGGAAATACCGGGAACCCAAGGACCGGAGCGAAGAATTCCCG3&apos;.

Economical parameters

Jelikož se jedná o aplikaci a potvrzení klasických analytických technik molekulární spektroskopie, jeví se jako nejvýraznější přínos úspora nákladů pro analýzu. Taktéž existují i jiné přínosy jako jsou úspora času z hlediska rychlosti detekce analyzovaných molekulárních systémů. Jedná se o screeningovou techniku, která obecně přináší úsporu času a nákladů. Výhoda technického řešení je zejména v jeho jednoduchosti a nízké ceně oproti komerčním technicky náročným bioanalytickým technikám. Využitelnost bude realizována zejména v zemědělských družstvech, tam kde je nutné orientačně, rychle a levně zjistit či porovnat výskyt epigenetických markerů ve fyziologických roztocích srovnáním s knihovnou.

Application category by cost

—

Owner IČO

00216208

Owner name

Univerzita Karlova, 1. lékařská fakulta

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

P - Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence

Licence fee requirement

Z - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje v některých případech licenční poplatek

Web page

—