Comparing traditional and commercial molecular biology detection of gastrointestinal pathogens with AusDiagnostics panels in Motol University Hospital

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11130%2F19%3A10427410" target="_blank" >RIV/00216208:11130/19:10427410 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/00064203:_____/19:10427410

Result on the web

<a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=2FKbI6DrIA" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=2FKbI6DrIA</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Porovnání tradiční a komerční molekulárně-biologické detekce gastrointestinálních patogenů firmy AusDiagnostics ve FN Motol

Original language description

Cíl práce: Cílem bylo zmapování výskytu gastrointestinálních (GI) patogenů na Ústavu lékařské mikrobiologie (ÚLM) Fakultní nemocnice v Motole v letech 2014-2018 a otestování dvou komerčních multiplexních molekulárně-biologických panelů za účelem zkvalitnění a případně zlevnění rutinní diagnostiky. Materiál ametody: Pomocí laboratorního informačního systému (LIS) bylo identifikováno 45 888 vzorků testovaných v průběhu let 2014-2018 na přítomnost GI patogenů pomocí kultivačních, imunochromatografických, mikroskopických a molekulárně-biologických metod. Pomocí nové multiplexní molekulárně-biologické detekce bylo otestováno celkem 182 izolátů nukleových kyselin, získaných ze vzorků stolic pomocí soupravy Enteric Viru ses (8-well) (EVP - Virový panel) nebo soupravy Faecal Pathogens M (16-well) (FPM -Mikrobiální panel) od firmy AusDiagnostics. Výsledky: Z dat v LIS bylo identifikováno celkem 6,2 % pozitivních patogenů způsobujících průjem ze všech zaslaných materiálů (Záchytnost bakteriálních agens činila 4,5 %, virových 21,6 % a parazitárních 0,4 % ze vzorků vyšetřovaných v dané kategorii). Z validně vyšetřených vzorků pomocí molekulárně-biologické detekce (98,9 % všech testovaných) byl v sestupném pořadí detekován: toxin BC. difficile(19 %), Norovirus ( 9 %), Astrovirus (8 %), Campylobacter(7 %), Sapovirus (6 %), Yersinia enterocolitica(6 %), Rotavirus (4 %),Enterovirus (3 %), Aeromonas(3 %), Adenovirus (2 %) a Salmonella(1 %). U 27 % stolic Virového panelu a u 40 % stolic Mikrobiálního panelu byl zjištěn navíc alespoň 1 nový nález oproti stávajícímu vyšetřovacímu schématu. Zavedení zkoušené techniky do rutinního provozu podle kalkulací nepovede ke s nížení nákladů pracoviště. Závěr: Zavedením multiplexních molekulárně-biologických panelů pro stanovení GIT patogenů se významně zvýší záchyt patogenůi přes vyšší náklady ÚLM.

Czech name

Porovnání tradiční a komerční molekulárně-biologické detekce gastrointestinálních patogenů firmy AusDiagnostics ve FN Motol

Czech description

Cíl práce: Cílem bylo zmapování výskytu gastrointestinálních (GI) patogenů na Ústavu lékařské mikrobiologie (ÚLM) Fakultní nemocnice v Motole v letech 2014-2018 a otestování dvou komerčních multiplexních molekulárně-biologických panelů za účelem zkvalitnění a případně zlevnění rutinní diagnostiky. Materiál ametody: Pomocí laboratorního informačního systému (LIS) bylo identifikováno 45 888 vzorků testovaných v průběhu let 2014-2018 na přítomnost GI patogenů pomocí kultivačních, imunochromatografických, mikroskopických a molekulárně-biologických metod. Pomocí nové multiplexní molekulárně-biologické detekce bylo otestováno celkem 182 izolátů nukleových kyselin, získaných ze vzorků stolic pomocí soupravy Enteric Viru ses (8-well) (EVP - Virový panel) nebo soupravy Faecal Pathogens M (16-well) (FPM -Mikrobiální panel) od firmy AusDiagnostics. Výsledky: Z dat v LIS bylo identifikováno celkem 6,2 % pozitivních patogenů způsobujících průjem ze všech zaslaných materiálů (Záchytnost bakteriálních agens činila 4,5 %, virových 21,6 % a parazitárních 0,4 % ze vzorků vyšetřovaných v dané kategorii). Z validně vyšetřených vzorků pomocí molekulárně-biologické detekce (98,9 % všech testovaných) byl v sestupném pořadí detekován: toxin BC. difficile(19 %), Norovirus ( 9 %), Astrovirus (8 %), Campylobacter(7 %), Sapovirus (6 %), Yersinia enterocolitica(6 %), Rotavirus (4 %),Enterovirus (3 %), Aeromonas(3 %), Adenovirus (2 %) a Salmonella(1 %). U 27 % stolic Virového panelu a u 40 % stolic Mikrobiálního panelu byl zjištěn navíc alespoň 1 nový nález oproti stávajícímu vyšetřovacímu schématu. Zavedení zkoušené techniky do rutinního provozu podle kalkulací nepovede ke s nížení nákladů pracoviště. Závěr: Zavedením multiplexních molekulárně-biologických panelů pro stanovení GIT patogenů se významně zvýší záchyt patogenůi přes vyšší náklady ÚLM.

Type

J_SC - Article in a specialist periodical, which is included in the SCOPUS database

CEP classification

—

OECD FORD branch

10606 - Microbiology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Klinická mikrobiologie a infekční lékařství

ISSN

1211-264X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

25

Issue of the periodical within the volume

4

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

8

Pages from-to

132-139

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

2-s2.0-85083871958