Identification of Proteins by Combination of Peptide Mass Fingerprinting and Fragmentation of Sulfonated Peptides

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11150%2F07%3A00004060" target="_blank" >RIV/00216208:11150/07:00004060 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Identification of Proteins by Combination of Peptide Mass Fingerprinting and Fragmentation of Sulfonated Peptides

Original language description

The MALDI-TOF MS is an ideal method for routine identification of proteins separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-P AGE). However, in some cases the outputs from peptide mass fingerprinting (PMF) do not enable unambiguous identification of proteins. In such situation, determination of a partial amino acid sequence of the target protein would be extremely helpful in the PMF identification. Sequencing using MALDI-TOF post-source decay (PSD) usually generates complex spectra and the fragmentation is not complete. PSD sequencing with chemically assisted fragmentation allows to avoid these problems. Application of both methods in identification of proteins of Francisella tularensis is presented.

Czech name

Identifikace proteinů pomocí kombinace proteinové hmotností spektrometrie a fragmentace sulfonovaných proteinů

Czech description

MALDI-TOF MS je ideální metodou pro rutinní identifikaci bílkovin separovaných dvojrozměrnou elektroforézou na polyakrylamidovém gelu (2D-PAGE). Nicméně v některých případech výsledky z fingerprintingu peptidové hmoty (PMF) neumožní jednoznačnou identifikaci bílkovin. V takových situacích by bylo určení částečné aminokyselinové sekvence cílové bílkoviny u PMF identifikací velmi prospěšné. Sekvenace za pomoci MALDI-TOF post-source decay (PSD) obvykle vytváří komplexní spektra a fragmentace není dokončena. PSD sekvenace spolu s chemicky podporovanou fragmentací umožňuje se vyhnout těmto problémům. V následující části tohoto sdělení je prezentována aplikace obou metod při identifikaci bílkovin z Francisely tularensis.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CE - Biochemistry

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Chemické listy

ISSN

0009-2770

e-ISSN

—

Volume of the periodical

98

Issue of the periodical within the volume

5

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

4

Pages from-to

264-267

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—