Complexity: Software tools for linguistic based analysis of genetic sequences
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F10%3A10081249" target="_blank" >RIV/00216208:11310/10:10081249 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Komplexita : software pro lingvistické analýzy genetických sekvencí
Original language description
Bioinformatický program umožňující analýzy genetických sekvencí na základě matematických lingvistických metod, které jsou alternativním bioinformatickým nástrojem pro kvalitativní analýzu genetických sekvencí. Program pracuje se sekvencemi nukleotidů nebo proteinů ve standardních bioinformatických formátech. Umožňuje rozklad textu na potenciální slova délky n. (tzv. Shannonovské n-gramy) a jejich následné statistické zpracování. Program dále nabízí výpočty lingvistických charakteristik jako Shannonova entropie, lingvistická komplexita, lingvistická komplexita dle E.N. Trifonova, markovský model entropie, Wootton - Federhenův index. Mimo tyto základní funkce program umožňuje detekci potenciálně amfipatických peptidů v proteinech, náhodný výběr vzorku zvolené délky, filtraci sekvencí na základě zvolených parametrů a porovnání s náhodným modelem pomocí simulací Monte- Carlo. Program je zveřejněn v anglické verzi, manuál je dostupný v češtině i v angličtině.
Czech name
Komplexita : software pro lingvistické analýzy genetických sekvencí
Czech description
Bioinformatický program umožňující analýzy genetických sekvencí na základě matematických lingvistických metod, které jsou alternativním bioinformatickým nástrojem pro kvalitativní analýzu genetických sekvencí. Program pracuje se sekvencemi nukleotidů nebo proteinů ve standardních bioinformatických formátech. Umožňuje rozklad textu na potenciální slova délky n. (tzv. Shannonovské n-gramy) a jejich následné statistické zpracování. Program dále nabízí výpočty lingvistických charakteristik jako Shannonova entropie, lingvistická komplexita, lingvistická komplexita dle E.N. Trifonova, markovský model entropie, Wootton - Federhenův index. Mimo tyto základní funkce program umožňuje detekci potenciálně amfipatických peptidů v proteinech, náhodný výběr vzorku zvolené délky, filtraci sekvencí na základě zvolených parametrů a porovnání s náhodným modelem pomocí simulací Monte- Carlo. Program je zveřejněn v anglické verzi, manuál je dostupný v češtině i v angličtině.
Classification
Type
R - Software
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
—
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2010
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
Com_G.1.1
Technical parameters
http://web.natur.cuni.cz/filosof/index.php/cs/clenove/362-zemkova.html
Economical parameters
Software výrazně usnadňuje a zrychluje výpočty a operace s genetickými sekvencemi, které by byly bez programu prakticky neproveditelné. Tyto lingvistické výpočetní nástroje nejsou v takto kompaktní podobě součástí žádného veřejně dostupného softwaru.
Owner IČO
00216208
Owner name
Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze