Genome hybridizations of T. pallidum strains Nichols and SS14 on the oligonucleotide array
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F05%3A00013198" target="_blank" >RIV/00216224:14110/05:00013198 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
Original language description
Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Malá velikost genomu (1,14 Mb) tohoto patogenu koreluje s jeho obligátní závislostí na hostiteli. Jednotlivé kmeny a izoláty nelze od sebe běžně užívanými serologickými testy odlišit. Jisté typizace bylo dosaženo na úrovni detekce DNA, zejména sekvencí tpr genů. Naším cílem bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a získanou kompletní genomovou sekvenci srovnat s genomovou sekvencí kmene Nichols a použít výsledky pro definování vnitrodruhové variability genomu T. pallidum subsp. pallidum.Výsledné sekvence ukázaly shluky SNP a krátké delece a inzerce. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.
Czech name
Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
Czech description
Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Malá velikost genomu (1,14 Mb) tohoto patogenu koreluje s jeho obligátní závislostí na hostiteli. Jednotlivé kmeny a izoláty nelze od sebe běžně užívanými serologickými testy odlišit. Jisté typizace bylo dosaženo na úrovni detekce DNA, zejména sekvencí tpr genů. Naším cílem bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a získanou kompletní genomovou sekvenci srovnat s genomovou sekvencí kmene Nichols a použít výsledky pro definování vnitrodruhové variability genomu T. pallidum subsp. pallidum.Výsledné sekvence ukázaly shluky SNP a krátké delece a inzerce. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2005
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů