Complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F07%3A00019074" target="_blank" >RIV/00216224:14110/07:00019074 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2

Original language description

Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkovéhomnožství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získanásekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci.

Czech name

Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2

Czech description

Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkovéhomnožství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získanásekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů