Oesophageal, stomach and duodenum microbioma in patients with gastroesophageal reflux disease - a pilot study

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F19%3A00108527" target="_blank" >RIV/00216224:14110/19:00108527 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://biologickedny2019.cz/wp-content/uploads/2019/09/Sbornik_Biologicke_dny_Brno.pdf" target="_blank" >https://biologickedny2019.cz/wp-content/uploads/2019/09/Sbornik_Biologicke_dny_Brno.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Mikrobiom jícnu, žaludku a duodena u pacientů s gastroezofageální refluxní chorobou - pilotní studie

Original language description

Hostitelský mikrobiom může být důležitým faktorem v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem pilotní metagenomické studie bylo charakterizovat bakteriální biotu ve vzorcích z jícnu (normální, případně i patologické tkáně), žaludku (tělo a antrum) a dvanáctníku od pacientů s GERD a od zdravých kontrol. Z celkem 74 bioptických vzorků získaných při endoskopickém vyšetření 2 pacientů s RE, 4 s BE, 4 s EAC a 6 zdravých kontrol byla izolována nukleová kyselina použitím All Prep DNA/ RNA/miRNA Universal Kit (Qiagen). Produkty 16S rDNA PCR z oblasti V4 byly sekvenovány na platformě Illumina MiniSeq. Ve vzorcích bylo identifikováno celkem 20 kmenů, 86 řádů, 184 rodin a 295 bakteriálních rodů. Nejpočetnějšími kmeny ve všech vzorcích byly Proteobacteria 45 %, Firmicutes 39 %, Bacteroidetes 9 %, Actinobacteria 3 % a Fusobacteria 1 %. Ve vzorcích z jícnu dominovaly Streptococcus sp. a Prevotella sp. s nižším zastoupením Veillonella sp. Rozmanitost druhů lokálních společenstev (alfa diverzita) se mezi vzorky od pacientů s jednotlivými patologickými stavy/ zdravých kontrol významně nelišila (Shannonův index diverzity: 2,48 RE; 2,51 BE; 2,32 EAC a 2,52 zdravé kontroly), nicméně byla pozorována tendence snížené diverzity ve vzorcích od pacientů s EAC. Ve vzorcích z jícnu od pacientů s RE a BE byl patrný trend zvýšení gram-negativních taxonů (Fusobacterium, Campylobacter), zatímco ve skupině pacientů s EAC bylo pozorováno zvýšení taxonu Campylobacter a Lactobacillus (nemetrické multidimenzionální škálování). V návaznosti na pilotní data provedeme analýzu mikrobiomu horní části gastrointestinálního traktu za fyziologických a patologických podmínek u většího počtu pacientů s GERD. Poznání mikrobiomu a jeho případné diverzity v těchto lokalitách může přispět k časnější diagnostice a optimalizaci algoritmu sekundárně preventivních opatření při rozvoji a léčbě BE a EAC u pacientů s GERD.

Czech name

Mikrobiom jícnu, žaludku a duodena u pacientů s gastroezofageální refluxní chorobou - pilotní studie

Czech description

Hostitelský mikrobiom může být důležitým faktorem v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem pilotní metagenomické studie bylo charakterizovat bakteriální biotu ve vzorcích z jícnu (normální, případně i patologické tkáně), žaludku (tělo a antrum) a dvanáctníku od pacientů s GERD a od zdravých kontrol. Z celkem 74 bioptických vzorků získaných při endoskopickém vyšetření 2 pacientů s RE, 4 s BE, 4 s EAC a 6 zdravých kontrol byla izolována nukleová kyselina použitím All Prep DNA/ RNA/miRNA Universal Kit (Qiagen). Produkty 16S rDNA PCR z oblasti V4 byly sekvenovány na platformě Illumina MiniSeq. Ve vzorcích bylo identifikováno celkem 20 kmenů, 86 řádů, 184 rodin a 295 bakteriálních rodů. Nejpočetnějšími kmeny ve všech vzorcích byly Proteobacteria 45 %, Firmicutes 39 %, Bacteroidetes 9 %, Actinobacteria 3 % a Fusobacteria 1 %. Ve vzorcích z jícnu dominovaly Streptococcus sp. a Prevotella sp. s nižším zastoupením Veillonella sp. Rozmanitost druhů lokálních společenstev (alfa diverzita) se mezi vzorky od pacientů s jednotlivými patologickými stavy/ zdravých kontrol významně nelišila (Shannonův index diverzity: 2,48 RE; 2,51 BE; 2,32 EAC a 2,52 zdravé kontroly), nicméně byla pozorována tendence snížené diverzity ve vzorcích od pacientů s EAC. Ve vzorcích z jícnu od pacientů s RE a BE byl patrný trend zvýšení gram-negativních taxonů (Fusobacterium, Campylobacter), zatímco ve skupině pacientů s EAC bylo pozorováno zvýšení taxonu Campylobacter a Lactobacillus (nemetrické multidimenzionální škálování). V návaznosti na pilotní data provedeme analýzu mikrobiomu horní části gastrointestinálního traktu za fyziologických a patologických podmínek u většího počtu pacientů s GERD. Poznání mikrobiomu a jeho případné diverzity v těchto lokalitách může přispět k časnější diagnostice a optimalizaci algoritmu sekundárně preventivních opatření při rozvoji a léčbě BE a EAC u pacientů s GERD.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10608 - Biochemistry and molecular biology

Project

<a href="/en/project/NV17-30439A" target="_blank" >NV17-30439A: Advanced biotechnological and behavioral approaches in dental caries research and prevention strategies</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů