Effective methodology for determination of mannose-binding lectin haplogenotypes and roles of this receptor in the etiopathogenesis of oral disease

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F19%3A00108549" target="_blank" >RIV/00216224:14110/19:00108549 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Efektivní metodika pro stanovení haplogenotypů lektinu vázajícího manózu a role tohoto receptoru v etiopatogenezi onemocnění dutiny ústní

Original language description

Úvod a cíl: Lektin vázající manózu (MBL) hraje důležitou roli v rámci vrozené imunity. Tento receptor rozpoznávající molekulární vzory na povrchu patogenů je studován a asociován s řadou chorob dutiny ústní (recidivující aftózní stomatitidou, parodontitidou, orálním lichen planus, zubním kazem). Cílem práce bylo navrhnout efektivní metodiku pro identifikaci funkčních polymorfizmů v MBL2 genu, jejichž alelické a genotypové kombinace ovlivňují expresi genu MBL2. Metodika: Byly vybrány tři polymorfizmy v oblasti exonu 1 v kodonech 52, 54 a 57 (těm odpovídají alely D, B a C), dále dva polymorfizmy v promotoru 1 na pozicích -550 (alelová varianta H/L) a -221 (alelová varianta X/Y) a na pozici +4 v 5' nepřekládané oblasti (alelová varianta P/Q) na souboru 353 osob české národnosti. Byl navržen originální protokol pro stanovení variant všech šesti polymorfizmů v rámci jedné SNaPshot analýzy. Pro zpracování dat a následnou haplotypovou/haplogenotypovou analýzu byl vyvinut originální algoritmus. Validace SNaPshot analýzy byla provedena komparací získaných výsledků u 10 vybraných vzorků pomocí sekvenační analýzy a alelově specifické PCR, která se standardně používá pro genotypizaci MBL2. Výsledky: Optimalizovaný protokol byl nastaven na 100 ng vstupní genomové DNA pro analýzu všech šesti polymorfizmů. Spotřeba komerční SNaPshot reakční směsi je 5× nižší než je doporučeno v přiloženém návodu při zachování stejné účinnosti. Genotypové rozložení u všech studovaných variant bylo v Hardy-Weinbergerově rovnováze (P&gt;0,05). Frekvence minoritních alel všech šesti polymorfizmů ve zvolené kohortě odpovídalo frekvencím v evropské populaci. Výsledné genotypy získané touto metodou byly ve 100% shodě s výsledky získanými dalšími dvěma metodickými přístupy. Závěr: Pro určení šesti polymorfizmů v genu MBL2 jsme vyvinuli metodiku, která je rychlá, spolehlivá, nenáročná na vstupní množství DNA a ekonomicky výhodná. Metodika a algoritmus pro sestavení haplotypů/haplogenotypů jsou nyní připraveny pro využití při genetických asociačních studiích, které jsou zaměřeny nejenom na choroby dutiny ústní, ale i na další onemocnění. Poděkování: Studie byla podpořena z grantu NV17-30439A, ze specifického výzkumu MUNI/A/1546/2018 a z prostředků poskytnutých Lékařskou fakultou MU juniorskému výzkumníkovi Petře Bořilové Linhartové.

Czech name

Efektivní metodika pro stanovení haplogenotypů lektinu vázajícího manózu a role tohoto receptoru v etiopatogenezi onemocnění dutiny ústní

Czech description

Úvod a cíl: Lektin vázající manózu (MBL) hraje důležitou roli v rámci vrozené imunity. Tento receptor rozpoznávající molekulární vzory na povrchu patogenů je studován a asociován s řadou chorob dutiny ústní (recidivující aftózní stomatitidou, parodontitidou, orálním lichen planus, zubním kazem). Cílem práce bylo navrhnout efektivní metodiku pro identifikaci funkčních polymorfizmů v MBL2 genu, jejichž alelické a genotypové kombinace ovlivňují expresi genu MBL2. Metodika: Byly vybrány tři polymorfizmy v oblasti exonu 1 v kodonech 52, 54 a 57 (těm odpovídají alely D, B a C), dále dva polymorfizmy v promotoru 1 na pozicích -550 (alelová varianta H/L) a -221 (alelová varianta X/Y) a na pozici +4 v 5' nepřekládané oblasti (alelová varianta P/Q) na souboru 353 osob české národnosti. Byl navržen originální protokol pro stanovení variant všech šesti polymorfizmů v rámci jedné SNaPshot analýzy. Pro zpracování dat a následnou haplotypovou/haplogenotypovou analýzu byl vyvinut originální algoritmus. Validace SNaPshot analýzy byla provedena komparací získaných výsledků u 10 vybraných vzorků pomocí sekvenační analýzy a alelově specifické PCR, která se standardně používá pro genotypizaci MBL2. Výsledky: Optimalizovaný protokol byl nastaven na 100 ng vstupní genomové DNA pro analýzu všech šesti polymorfizmů. Spotřeba komerční SNaPshot reakční směsi je 5× nižší než je doporučeno v přiloženém návodu při zachování stejné účinnosti. Genotypové rozložení u všech studovaných variant bylo v Hardy-Weinbergerově rovnováze (P&gt;0,05). Frekvence minoritních alel všech šesti polymorfizmů ve zvolené kohortě odpovídalo frekvencím v evropské populaci. Výsledné genotypy získané touto metodou byly ve 100% shodě s výsledky získanými dalšími dvěma metodickými přístupy. Závěr: Pro určení šesti polymorfizmů v genu MBL2 jsme vyvinuli metodiku, která je rychlá, spolehlivá, nenáročná na vstupní množství DNA a ekonomicky výhodná. Metodika a algoritmus pro sestavení haplotypů/haplogenotypů jsou nyní připraveny pro využití při genetických asociačních studiích, které jsou zaměřeny nejenom na choroby dutiny ústní, ale i na další onemocnění. Poděkování: Studie byla podpořena z grantu NV17-30439A, ze specifického výzkumu MUNI/A/1546/2018 a z prostředků poskytnutých Lékařskou fakultou MU juniorskému výzkumníkovi Petře Bořilové Linhartové.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

Project

<a href="/en/project/NV17-30439A" target="_blank" >NV17-30439A: Advanced biotechnological and behavioral approaches in dental caries research and prevention strategies</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů