Characterization of esculin-positive Pseudomonas fluorescens strains isolated from an underground brook
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F04%3A00019868" target="_blank" >RIV/00216224:14310/04:00019868 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Characterization of esculin-positive Pseudomonas fluorescens strains isolated from an underground brook
Original language description
A group of sixteen esculin-positive fluorescent pseudomonads isolated from an underground brook flowing through a cave complex was characterized by biotyping, multiple enzyme restriction fragment length polymorphism analysis of 16S rDNA (MERFLP), ribotyping and whole cell fatty acid methyl esters analysis (FAME). All strains were phenotypically close to Pseudomonas fluorescens, but they revealed high biochemical variability as well as some reactions atypical for P. fluorescens species. Because identification of pseudomonads by the use of biochemical testing is often unclear, further techniques were applied to this group. Fingerprints obtained by MERFLP clearly showed that all strains represent P. fluorescens species. Ribotyping separated the strains analysed into four groups corresponding almost completely (with the exception of one strain) to clustering based on biochemical profiles. FAME analysis grouped all the strains into one cluster together with the P. putida (biotype A, B), P.
Czech name
Charakteristika eskulinpozitivních kmenů Pseudomonas fluorescens izolovaných z podzemního potoka
Czech description
Skupina 16 eskulinpozitivních fluorescentních pseudomonád izolovaných z podzemního potoka tekoucího jeskynním systémem byla charakterizována biotypizací, restrikční analýzou genu pro 16S rRNA (MERFLP), ribotypizací a analýzou mastných kyselin (FAME). Všechny kmeny byly fenotypově blízké druhu Pseudomonas fluorescens, ale vykázaly vysokou fenotypovou variabilitu a některé reakce atypické pro druh P. fluorescens. Protože biochemická identifikace pseudomonád je často nejednoznačná byly použity další techniky. Restrikční profil získaný metodou MERFLP jasně potvrdil, že všechny kmeny reprezentují druh P. fluorescens. Ribotypizace rozdělila analyzované kmeny do čtyř skupin, které odpovídaly biochemickým výsledkům. FAME analýza seskupila všechny analyzované kmeny do jedné skupiny spolu s referenčními kmeny P. putida (biotyp A, B), P. chlororaphis a P. fluorescens biotyp F, ale separovala je od dalších FAME profilů všech pseudomonád obsažených ve standardní knihovně TSBA 40 (MIDI).
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
EE - Microbiology, virology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/GP204%2F02%2FD099" target="_blank" >GP204/02/D099: Database of the ribotype profiles of bacterial type strains</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2004
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Folia Microbiologica
ISSN
0015-5632
e-ISSN
—
Volume of the periodical
49
Issue of the periodical within the volume
6
Country of publishing house
CZ - CZECH REPUBLIC
Number of pages
6
Pages from-to
725-730
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—