Conformational Transitions of Flanking Purines in HIV-1 RNA Dimerization Initiation Site Kissing Complexes Studied by Charmm Explicit Solvent Molecular Dynamics

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00026548" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00026548 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68081707:_____/08:00310357

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Conformational Transitions of Flanking Purines in HIV-1 RNA Dimerization Initiation Site Kissing Complexes Studied by Charmm Explicit Solvent Molecular Dynamics

Original language description

Study of flanking bases in RNA kissing loop complexes using Charmm force field shows good agreement with experiments carried out by Amber and with X-ray crystalography. The study describes multiple conformations, which flanking bases may adopt on nanosecond time scale.

Czech name

Konformační přechody volných purinů v HIV-1 RNA kissing complexech studovaných molekulově dynamickými simulacemi v explicitním solventu pomocí Charmmu

Czech description

Studium volných bází v kissing komplexech RNA pomocí silového pole Charmm ukazuje shodu s experimenty prováděnými pomocí Amberu a s rentgenovou krystalografií. Studie popisuje množství konformací, které mohou volné báze zaujmout na nanosekundové časové škále.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Biopolymers

ISSN

0006-3525

e-ISSN

—

Volume of the periodical

89

Issue of the periodical within the volume

9

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

13

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000257822000003

EID of the result in the Scopus database

—