Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids

Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00026550" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00026550 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/68081707:_____/08:00310366 RIV/61388963:_____/08:00310366 RIV/60461373:22310/08:00020617
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—

Result language
angličtina
Original language name
Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids
Original language description
Quantum chemistry was used to describe alpha/gamma energetics and to access Amber force field parm99 and parmbsc0. This was tested on two models systems: SPM consisting of a sugar and methyl group linked through a phosphodiester bond and SPSOM consistingof two deoxyribose residues (without the bases) connected via a phosphodiester bond. A comparison of the ab initio data with the ff99 potential energy surface clearly reveals an incorrect ff99 force-field description in the regions where the gamma torsion is in the trans conformation.
Czech name
Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách.
Czech description
Kvantová chemie byla využita k popisu energetiky alfa/gama a k ohodnocení ambrovských silových polí parm99 a parmbsc0. Byly testovány dva modelové systémy: SPM sestávající se z cukru a methylové skupiny připojené přes fosfodiesterovou vazbu a SPSOM sestávající se z dvou deoxyribóz (bez bází) spojených přes fosfodiesterovou vazbu. Srovnání ab intio dat s potenciální energií silového pole parm99 jasně ukazuje, že parm99 nesprávně popisuje region kde gama torze je v trans konformaci.

Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
BO - Biophysics
OECD FORD branch
—

Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year
2008
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Similar results(10)