General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility

Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00026551" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00026551 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/68081707:_____/08:00313367 RIV/61989592:15310/08:00005452 RIV/61388963:_____/08:00313367 RIV/60461373:22310/08:00020618
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—

Result language
angličtina
Original language name
General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility
Original language description
Investigation of active-site nucleotide C75 role in self-cleavage of HDVr. For this purpose quantum chemical/molecular mechanical calculations were carried out. Calculations show that C75 is readily capable of acting as the general base, in concert withthe hydrated magnesium ion as the general acid. The calculated energy barrier of the proposed mechanism, minus 20 kcal/mol, would lower the reaction barrier by minus15 kcal/mol compared with the uncatalyzed reaction and is in good agreement with experimental data.
Czech name
General base katalýza štěpení aktivním cytosinem HDVr: QM/MM výpočty prokazují chemickou proveditelnost
Czech description
Studium nukleotidu C75 v aktivním místě při samoštěpící reakci HDVr. K tomuto účelu byly provedeny kvantově chemické a molekulově mechanické výpočty. Výpočty ukazují, že C75 může snadno fungovat jako general base ve shodě s hydratovaným hořečnatým iontemjako general acid. Vypočtená energetická bariera pro navržený mechanismus (minus20 kcal/mol) by snížila reakční barieru o minus15 kcal/mol ve srovnání s nekatalyzovanou reakcí a je v dobré shodě s experimentálními daty.

Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
BO - Biophysics
OECD FORD branch
—

Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year
2008
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Similar results(10)