The use of DNA microarray technology in research of genetic cause of schizophrenia
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F13%3A00066097" target="_blank" >RIV/00216224:14310/13:00066097 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Využití DNA čipové technologie ve výzkumu genetické podmíněnosti schizofrenie
Original language description
Rychlý rozvoj technik využívajících DNA čipy umožnil v posledních době provádění genotypizace velkého množství jednobodových polymorfismů (SNPs) v rámci GWAS (genome-wide association studies). V rámci naší studie, zabývající se analýzou SNPs asociovanýchs rizikem vzniku schizofrenie, jsme provedli návrh DNA čipu pro analýzu 96 SNPs pomocí metody GoldenGate na přístroji BeadExpress reader (Illumina). Při výběru byly zohledněny výsledky posledních GWAS (Genome Wide Association Studies) studií s našimi předchozími výsledky. Celkem bylo analyzováno 405 vzorků pacientů a kontrol mužského pohlaví. Průměrná call rate u vzorků byla 98%, kdy do následné statistické analýzy byly použity pouze vzorky s call rate vyšší než 90%. Po analýze výsledků pomocí Fisherova dvoustranného testu a Bonferroniho korekci bylo nalezeno šest polymorfismů (rs6595788, rs28705343, rs3737967, rs77692880, rs9960767 a rs6104567) signifikantně asociovaných s rizikem vzniku schizofrenie (p < 0.05).
Czech name
Využití DNA čipové technologie ve výzkumu genetické podmíněnosti schizofrenie
Czech description
Rychlý rozvoj technik využívajících DNA čipy umožnil v posledních době provádění genotypizace velkého množství jednobodových polymorfismů (SNPs) v rámci GWAS (genome-wide association studies). V rámci naší studie, zabývající se analýzou SNPs asociovanýchs rizikem vzniku schizofrenie, jsme provedli návrh DNA čipu pro analýzu 96 SNPs pomocí metody GoldenGate na přístroji BeadExpress reader (Illumina). Při výběru byly zohledněny výsledky posledních GWAS (Genome Wide Association Studies) studií s našimi předchozími výsledky. Celkem bylo analyzováno 405 vzorků pacientů a kontrol mužského pohlaví. Průměrná call rate u vzorků byla 98%, kdy do následné statistické analýzy byly použity pouze vzorky s call rate vyšší než 90%. Po analýze výsledků pomocí Fisherova dvoustranného testu a Bonferroniho korekci bylo nalezeno šest polymorfismů (rs6595788, rs28705343, rs3737967, rs77692880, rs9960767 a rs6104567) signifikantně asociovaných s rizikem vzniku schizofrenie (p < 0.05).
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/GP309%2F09%2FP361" target="_blank" >GP309/09/P361: Relationship of candidate genes polymorphisms interaction to pathogenesis of schizophrenia</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2013
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů