LoopGrafter software tool

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F22%3A00129627" target="_blank" >RIV/00216224:14310/22:00129627 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://loschmidt.chemi.muni.cz/loopgrafter/#/" target="_blank" >https://loschmidt.chemi.muni.cz/loopgrafter/#/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Nástroj LoopGrafter

Original language description

Transplantace smyček mezi strukturně příbuznými proteiny je nadějná metoda ke zlepšení aktivity, specificity a stability proteinů a enzymů. Navzdory strukturní a funkční důležitosti smyčkových proteinových oblastí, v proteinovém inženýrství jsou však prozatím dostupné metody racionálního návrhu proteinů založené na smyčkách vzácné. Jedním ze specifických problémů souvisejících se smyčkovým inženýrstvím je jejich jedinečná dynamika, která jim umožňuje uplatňovat např. alosterickou kontrolu nad katalytickou funkcí enzymů. Když se tedy inženýrsky transplantují smyčky mezi dvěma různými proteiny, je třeba vzít v úvahu takovou dynamiku v kontextu proteinové struktury. Druhou praktickou výzvou je identifikace míst vhodných pro transplantaci, zjištění ideální délky přenášené smyčky apod. V Loschmidtových laboratořích MU vyvíjíme softwarový nástroj LoopGrafter, který specificky navádí proces roubování smyčky mezi strukturně příbuznými proteiny. Server poskytuje interaktivní postup krok za krokem, ve kterém může uživatel postupně identifikovat smyčky ve dvou vstupních proteinech, vypočítat jejich geometrie, posoudit jejich podobnosti a dynamiku a vybrat počet smyček k transplantaci. Vypočítají se všechny možné různé chimérické proteiny odvozené z jakéhokoli existujícího bodu rekombinace a pro každý z nich se zkonstruují a energeticky vyhodnotí 3D modely. Získané výsledky lze interaktivně vizualizovat v uživatelsky přívětivém grafickém rozhraní a stáhnout pro podrobné strukturální analýzy.

Czech name

Nástroj LoopGrafter

Czech description

Transplantace smyček mezi strukturně příbuznými proteiny je nadějná metoda ke zlepšení aktivity, specificity a stability proteinů a enzymů. Navzdory strukturní a funkční důležitosti smyčkových proteinových oblastí, v proteinovém inženýrství jsou však prozatím dostupné metody racionálního návrhu proteinů založené na smyčkách vzácné. Jedním ze specifických problémů souvisejících se smyčkovým inženýrstvím je jejich jedinečná dynamika, která jim umožňuje uplatňovat např. alosterickou kontrolu nad katalytickou funkcí enzymů. Když se tedy inženýrsky transplantují smyčky mezi dvěma různými proteiny, je třeba vzít v úvahu takovou dynamiku v kontextu proteinové struktury. Druhou praktickou výzvou je identifikace míst vhodných pro transplantaci, zjištění ideální délky přenášené smyčky apod. V Loschmidtových laboratořích MU vyvíjíme softwarový nástroj LoopGrafter, který specificky navádí proces roubování smyčky mezi strukturně příbuznými proteiny. Server poskytuje interaktivní postup krok za krokem, ve kterém může uživatel postupně identifikovat smyčky ve dvou vstupních proteinech, vypočítat jejich geometrie, posoudit jejich podobnosti a dynamiku a vybrat počet smyček k transplantaci. Vypočítají se všechny možné různé chimérické proteiny odvozené z jakéhokoli existujícího bodu rekombinace a pro každý z nich se zkonstruují a energeticky vyhodnotí 3D modely. Získané výsledky lze interaktivně vizualizovat v uživatelsky přívětivém grafickém rozhraní a stáhnout pro podrobné strukturální analýzy.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10608 - Biochemistry and molecular biology

Project

<a href="/en/project/TP01010039" target="_blank" >TP01010039: Strengthening the commercialization system of R&D results at Masaryk University</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2022

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů