A machine learning-based classifier of binding pockets in proteins

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F24%3A00138661" target="_blank" >RIV/00216224:14310/24:00138661 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení

Original language description

Některé strukturní prvky proteinů hrají rozhodující roli při navázání a uvolnění ligandů, např. povrchové vazebné rozhraní, tunel s jedním otvorem, který spojuje aktivní místo s vnějším prostředím, nebo oboustranně otevřený kanál. Pro výpočet tunelů a kanálů existuje několik metod, které však vyžadují vlastní nastavení, aby poskytly kvalitní výsledky. Zejména rozlišení mezi povrchovými a zanořenými vazebnými kapsami je pro výpočet tunelu kritické, ale zatím není dořešené. Cílem tohoto klasifikátoru je vyřešit tento problém pomocí funkcí FPOCKET a ručně označeného souboru dat 200 kapes klasifikovaných jako povrchové, hraniční a zanořené. Klasifikátor se skládá z malé umělé neuronové sítě a dosahuje přesnosti 54 % a skóre F1 50 %.

Czech name

Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení

Czech description

Některé strukturní prvky proteinů hrají rozhodující roli při navázání a uvolnění ligandů, např. povrchové vazebné rozhraní, tunel s jedním otvorem, který spojuje aktivní místo s vnějším prostředím, nebo oboustranně otevřený kanál. Pro výpočet tunelů a kanálů existuje několik metod, které však vyžadují vlastní nastavení, aby poskytly kvalitní výsledky. Zejména rozlišení mezi povrchovými a zanořenými vazebnými kapsami je pro výpočet tunelu kritické, ale zatím není dořešené. Cílem tohoto klasifikátoru je vyřešit tento problém pomocí funkcí FPOCKET a ručně označeného souboru dat 200 kapes klasifikovaných jako povrchové, hraniční a zanořené. Klasifikátor se skládá z malé umělé neuronové sítě a dosahuje přesnosti 54 % a skóre F1 50 %.

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Project

<a href="/en/project/LM2023049" target="_blank" >LM2023049: Czech National Node of the European Clinical Research Infrastructures Network</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2024

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

3_SW_MU_2024

Technical parameters

Doposud je využíváno interně k výzkumným účelům.

Economical parameters

V budoucnu je plánována komerční nabídka potencionálním partnerům z komerční sféry.

Owner IČO

00216224

Owner name

Masarykova univerzita