Variational Autoencoder-based tool for design of ancestral proteins
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F24%3A00139870" target="_blank" >RIV/00216224:14310/24:00139870 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů
Original language description
Abychom zefektivnili hledání proteinových sekvencí s požadovanými vlastnostmi, využíváme informace z proteinových rodin prostřednictvím vícenásobného zarovnání sekvencí k identifikaci konzervovaných oblastí a oblastí variability aminokyselin. Nově zavádíme variační autoenkodéry, které mohou zachytit plnou variabilitu sekvencí v zarovnáních vícenásobných sekvencí pomocí nelineárního modelování strojového učení. Vyvinuli jsme nástroj, který se učí reprezentaci proteinů a může vědcům pomoci při tvorbě vylepšených proteinových mutantů i při fylogenetické rekonstrukci proteinů. Případová studie je k dispozici zde: https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-jcds7-v2
Czech name
Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů
Czech description
Abychom zefektivnili hledání proteinových sekvencí s požadovanými vlastnostmi, využíváme informace z proteinových rodin prostřednictvím vícenásobného zarovnání sekvencí k identifikaci konzervovaných oblastí a oblastí variability aminokyselin. Nově zavádíme variační autoenkodéry, které mohou zachytit plnou variabilitu sekvencí v zarovnáních vícenásobných sekvencí pomocí nelineárního modelování strojového učení. Vyvinuli jsme nástroj, který se učí reprezentaci proteinů a může vědcům pomoci při tvorbě vylepšených proteinových mutantů i při fylogenetické rekonstrukci proteinů. Případová studie je k dispozici zde: https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-jcds7-v2
Classification
Type
R - Software
CEP classification
—
OECD FORD branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Result continuities
Project
<a href="/en/project/TN02000109" target="_blank" >TN02000109: Personalised Medicine: From Translational Research into Biomedical Applications</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2024
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
5_SW_MU_2024
Technical parameters
Doposud je využíváno interně k výzkumným účelům.
Economical parameters
V budoucnu je plánována nabídka potencionálním partnerům.
Owner IČO
00216224
Owner name
Masarykova univerzita