CAVER Viewer

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F08%3A00025316" target="_blank" >RIV/00216224:14330/08:00025316 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

CAVER Viewer

Original language description

CAVER Viewer application for protein visualization was developed in cooperation with Loschmidt Laboratories, Faculty of Science, Masaryk University. The main goal of this research is to analyze protein molecules and to detect so called channels in them.Channels are paths leading from the outside part of the molecule to so called active site of protein. In this active site important chemical reactions can undergo. After channel detection the transportation of small molecule of substrate into the activesite follows. The result of the chemical reaction between protein and substrate can be a product which forms the basis of some new medication. The main contribution of the CAVER Viewer application is the automatic detection of all possible channels in protein and their exploration using novel visualization methods implemented in this program. So it is possible to eliminate the inconvenient channels and accelerate the process of drug design.

Czech name

CAVER Viewer

Czech description

Software CAVER Viewer pro vizualizaci proteinových struktur vznikl ve spolupráci s Loschmidt Laboratories Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity a jeho hlavním cílem bylo umožnění analýzy a vizualizace takzvaných tunelů v proteinech. Tunely jsou vpodstatě cesty vedoucí z povrchu molekuly do takzvaného aktivního místa proteinu, kde mohou probíhat důležité chemické reakce. Těmito tunely je následně možné dopravit do aktivního místa malou molekulu substrátu. Výsledkem chemické reakce mezi proteinema substrátem pak může být produkt tvořící základ nového léčiva. Hlavním přínosem programu CAVER Viewer je tedy automatická detekce všech možných tunelů a jejich následné prozkoumání pomocí nových vizualizačních nástrojů, které tento software poskytuje. Tímto způsobem je možné eliminovat neperspektivní tunely a tak významně urychlit proces návrhu nových léčiv.

Type

R - Software

CEP classification

IN - Informatics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA201%2F07%2F0927" target="_blank" >GA201/07/0927: Visualization of protein structures</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

CAVER Viewer 1.0

Technical parameters

Program pro analýzu a vizualizaci proteinů, platformy Windows, Linux, Mac OS, programovací jazyk Java,

Economical parameters

—

Owner IČO

00216224

Owner name

Masarykova univerzita