ChrgDescCalc.py - tool for calculating charge descriptors

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F16%3A00108723" target="_blank" >RIV/00216224:14740/16:00108723 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="http://www.enbik.cz/enbik2016/postery/" target="_blank" >http://www.enbik.cz/enbik2016/postery/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

ChrgDescCalc.py – nástroj na výpočet nábojových deskriptorů

Original language description

Nábojové deskriptory jsou podskupinou molekulových deskriptorů [1, 2], které v chemoinformatice používáme především k predikci aktivit a fyzikálně chemických vlastností molekul. Nábojové deskriptory mají tu výhodu, že využívají pro svůj výpočet parciální atomové náboje, které popisují rozložení elektronů v molekule a můžeme díky nim získat velký přínos při popisu některých důležitých vlastností. Přestože existuje několik kvantově mechanických i empirických metodik pro výpočet nábojů, většina současných softwarových nástrojů pro výpočet deskriptorů využívá pouze jednoduché Gasteiger-Marsili náboje. Navíc uvedené softwarové nástroje nabízí pouze zlomek z dostupných nábojových deskriptorů. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli vytvořit software pro výpočet nábojových deskriptorů, založených na libovolných atomových nábojích. Tento nástroj umožňuje výpočet 68 různých nábojových deskriptorů, jejichž definice byly převzaty především z literatury [1]. Software je napsán v jazyce Python a umožňuje zpracovat tisíce běžných organických molekul během několika sekund. Rád bych představil výsledky porovnání deskriptorů využívající kvantově mechanické a empirické náboje. Dále se nám pomocí vybraných deskriptorů podařilo vytvořit kvalitní QSPR modely pro predikci významných fyzikálně chemických vlastností – rozdělovacího koeficientu logP a disociační konstanty pKa pro molekuly fenolů.

Czech name

ChrgDescCalc.py – nástroj na výpočet nábojových deskriptorů

Czech description

Nábojové deskriptory jsou podskupinou molekulových deskriptorů [1, 2], které v chemoinformatice používáme především k predikci aktivit a fyzikálně chemických vlastností molekul. Nábojové deskriptory mají tu výhodu, že využívají pro svůj výpočet parciální atomové náboje, které popisují rozložení elektronů v molekule a můžeme díky nim získat velký přínos při popisu některých důležitých vlastností. Přestože existuje několik kvantově mechanických i empirických metodik pro výpočet nábojů, většina současných softwarových nástrojů pro výpočet deskriptorů využívá pouze jednoduché Gasteiger-Marsili náboje. Navíc uvedené softwarové nástroje nabízí pouze zlomek z dostupných nábojových deskriptorů. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli vytvořit software pro výpočet nábojových deskriptorů, založených na libovolných atomových nábojích. Tento nástroj umožňuje výpočet 68 různých nábojových deskriptorů, jejichž definice byly převzaty především z literatury [1]. Software je napsán v jazyce Python a umožňuje zpracovat tisíce běžných organických molekul během několika sekund. Rád bych představil výsledky porovnání deskriptorů využívající kvantově mechanické a empirické náboje. Dále se nám pomocí vybraných deskriptorů podařilo vytvořit kvalitní QSPR modely pro predikci významných fyzikálně chemických vlastností – rozdělovacího koeficientu logP a disociační konstanty pKa pro molekuly fenolů.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10400 - Chemical sciences

Project

<a href="/en/project/LQ1601" target="_blank" >LQ1601: CEITEC 2020</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2016

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů