Bioinformatic tool with a user interface for NGS data analysis - LYNX
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F21%3A00129461" target="_blank" >RIV/00216224:14740/21:00129461 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://lynx.ceitec.muni.cz/" target="_blank" >https://lynx.ceitec.muni.cz/</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
Original language description
LYNX je webový interaktivní bioinformatický nástroj pro analýzu dat získaných cíleným sekvenováním nové generace. Výpočetní algoritmy implementované v nástroji poskytují informace o mutacích ve vybraných genech, změnách v počtu kopií DNA, translokacích a přestavbách antigenních receptorů u nejběžnějších lymfoidních malignit. Všechny tyto informace jsou prezentovány prostřednictvím interaktivních tabulek a grafů v uživatelském rozhraní.
Czech name
Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
Czech description
LYNX je webový interaktivní bioinformatický nástroj pro analýzu dat získaných cíleným sekvenováním nové generace. Výpočetní algoritmy implementované v nástroji poskytují informace o mutacích ve vybraných genech, změnách v počtu kopií DNA, translokacích a přestavbách antigenních receptorů u nejběžnějších lymfoidních malignit. Všechny tyto informace jsou prezentovány prostřednictvím interaktivních tabulek a grafů v uživatelském rozhraní.
Classification
Type
R - Software
CEP classification
—
OECD FORD branch
30401 - Health-related biotechnology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/TJ02000133" target="_blank" >TJ02000133: Development of modular bioinformatics platform for next-generation sequencing data analysis.</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2021
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
LYNX
Technical parameters
Software LYNX je bioinformatická pipeline s webovým rozhraním. Pipeline se skládá z volně dostupných programů a vlastního kódu zejména v programovacích jazycích Perl, Python a Snakemake. Uživatelské prostředí komunikující s výpočetní pipeline je naprogramované v jazyce JavaScript.
Economical parameters
Výsledek projektu, který je ve společném vlastnictví Masarykovy univerzity a HPST, s.r.o., jsou oba vlastníci oprávněni samostatně užívat pro nekomerční užití bezúplatně. Pro poskytnutí licence nebo podlicence třetí osobě je třeba souhlasu obou vlastníků. Vlastníci budou využívat výsledek projektu k vědeckým, výukovým a výzkumným činnostem.
Owner IČO
00216224
Owner name
Masarykova univerzita