GROMACS MetaDump
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F25%3A00142387" target="_blank" >RIV/00216224:14740/25:00142387 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://github.com/sb-ncbr/gromacs-metadump/" target="_blank" >https://github.com/sb-ncbr/gromacs-metadump/</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
GROMACS MetaDump
Original language description
Gromacs MetaDump is a tool for automatically creating FAIR metadata for biomolecular simulation datasets generated by GROMACS. It enables information extraction from TPR files, as well as validation, editing, and export of metadata in JSON or YAML format. The tool is freely available without registration through a web interface (https://gmd.ceitec.cz/), an API, or a Python script running in a Docker container.
Czech name
—
Czech description
—
Classification
Type
R - Software
CEP classification
—
OECD FORD branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Result continuities
Project
<a href="/en/project/LM2023055" target="_blank" >LM2023055: Czech National Infrastructure for Biological Data</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2025
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
GROMACS MetaDump
Technical parameters
Software Gromacs MetaDump je open-source nástroj pro analýzu dat z molekulárních dynamických simulací (GROMACS). Implementován v Pythonu, ověřitelný na základě veřejně dostupného zdrojového kódu a dokumentace (https://gmd.ceitec.cz/). Není uzavřena žádná licenční smlouva; využití autorského práva dle zákona č. 121/2000 Sb. Odpovědná osoba: Tomáš Svoboda, svoboda@ics.muni.cz.
Economical parameters
Výsledek nemá přímý ekonomický dopad; přináší nepřímé přínosy formou úspory času při analýze dat, efektivnějšího využití výpočetních zdrojů a podpory výzkumné spolupráce.
Owner IČO
00216224
Owner name
Masarykova univerzita