Software – a package for marginal and multivariate data analysis

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F24718602%3A_____%2F21%3AN0000004" target="_blank" >RIV/24718602:_____/21:N0000004 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="http://www.caia.cz" target="_blank" >http://www.caia.cz</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Software – balík pro marginální a multivariantní datovou analýzu

Original language description

Výsledkem jsou algoritmy robustní datové analýzy, založené na matematické gnostice (MG) zapracované do SW pro pokročilou informační analýzu. Jde o vícevrstvé řešení které zahrnuje import dat, exploratorní analýzu, převod a uložení dat a výstupů v datovém skladu. Výstupy jsou realizovány v HTML formátu. Pro exploratorní analýzu jde o systém AIA Explorer, procedury jsou uloženy v jazyce R a D; data jsou administrována v systému Labkey, který je napojen na databázi PostgreSQL. Popis a základní postupy robustní analýzy je zakotven v Guide, popisující vybrané úkoly robustní analýzy.

Czech name

Software – balík pro marginální a multivariantní datovou analýzu

Czech description

—

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Project

<a href="/en/project/EG17_107%2F0012336" target="_blank" >EG17_107/0012336: Advanced Information Analysis for the environment and clinical practice</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2021

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

Software AIA v2022

Technical parameters

Software představují algoritmy robustní datové analýzy, založené na matematické gnostice (MG) zapracované do SW pro pokročilou informační analýzu. Jde o vícevrstvé řešení, které zahrnuje import dat, exploratorní analýzu, převod a uložení dat a výstupů v datovém skladu. Výstupy jsou realizovány v HTML formátu. Pro exploratorní analýzu jde o systém AIA Explorer, procedury jsou uloženy v jazyce R a D; data jsou administrována v systému Labkey, který je napojen na databázi PostgreSQL. Popis a základní postupy robustní analýzy je zakotven v obsáhlém Guide, popisující vybrané úkoly robustní analýzy. Postup řešení spočíval nejdříve v přenosu teoreticky popsaných procedur z původních zdrojů, které jsou teoreticky popsány v různých zdrojích. Přenos byl realizován nejdříve do knihoven jazyka S+, díky podobnosti do R, který používá různé optimalizované procedury pro urychlení výpočtů, případně rozdělení výpočtů mezi několik počítačů. Procedury byly dále přepracovány do vyššího jazyka D, který umožnil nezávislost na interpretu jazyka R. Uživatelské prostředí bylo rozšířeno o rozhraní SW systému AIA Explorer, který umožňuje předběžnou analýzu pomocí křížových pohledů a průzkumovou analýzu. Další řešení vyžadovalo realizaci rozhraní s integrací procedur v R a D. Vedle toho probíhaly práce na datovém skladu. Při návrzích datového skladu byla přijata platforma pro datový sklad na multiplatformě Labkey. Ve vývoji celkového řešení, složené ze 2 podsystémy (rozhraní a datový sklad), které umí pracovat samostatně; bylo pracováno paralelně, aby bylo vůbec možné řešení provést. Základem obou podsystémů jsou však robustní platformy, mající silnou vývojovou základnu a zajištěnou dlouhodobou udržitelnost projektu (min. na 10 let). SW řešení AIA Explorer je postaveno na prostředí Electron. Electron je framework pro vytváření desktopových aplikací pomocí JavaScriptu, HTML a CSS. Díky tomu, že do své binární verze zabudoval Chromium a Node.js, umožňuje Electron udržovat jednu kódovou základnu JavaScriptu a vytvářet multiplatformní aplikace, které fungují v systémech Windows, MacOS a Linux. Díky tomu je systém platformě nezávislý. Navíc, Electron a inherentní Chromium umožňuje snadnou přenositelnost na web rozhraní, které je jednou z cílových řešení. Obdobně je postaveno řešení Labkey Server. Jde o softwarovou platformu s otevřeným zdrojovým kódem, která má výzkumným organizacím pomoci integrovat, analyzovat a sdílet komplexní biomedicínská data. LabKey Server, který lze přizpůsobit různým výzkumným protokolům, analytickým nástrojům a požadavkům na sdílení dat. Tento systém spojuje flexibilitu vlastního řešení se škálovatelností na podnikové úrovni pro podporu vědeckých pracovních postupů. Labkey nabízí vlastní instalaci na serveru, které jsme zvolili v prvním kroku. První verze programů je připravena v anglickém jazyce.

Economical parameters

E&H services se dlouhodobě problematikou robustních datových analýz zaobírá. Doposud však nemohl nabídnout praktické aplikace pomocí vlastního SW systému. Toto omezení tímto projektem končí. Nyní může provádět 1) vlastní datové analýzy malých souborů dat s vysokou neurčitostí (velkým rozptylem), což je první úkol; 2) poskytovat SW jako licencované řešení pro vlastní informační systémy. Zde předpokládáme pomoc se systémovou integrací na informační systémy třetích stran (NIS, LIMS). Nakonec může provádět také školení 3a) datových analytiků, kteří budou s datovými analýzami pomáhat – a budou s čelním nasazení s lékaři a těmi, kteří primárně s daty pracují. Dále školení 3b) koncových uživatelů, kteří nemusí mít znalosti datových analytiků, včetně detailních znalostí jako datoví analytici o technice použití datových metod, ale budou mít o to větší znalosti z oborové interpretace závěrů datových analýz.

Owner IČO

24718602

Owner name

E&H services a.s.